LXL04_008712 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008712

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106618912-106619377 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

394 bp · LXL04_008712|LXL04_008712|OH1004|cDNA

ATGGGCCGTGGAGTCAGCAGCGGTGGAGGACAGAGTTCACTCGACTACCTTTTCGGAAATGGAGAGCCAAAGCCCACCACAGGCAAGCCAGAGGCGGTTGCTCCAGCTCCGGTGAACCACATACACGTAGCCGCCACCAATGAGCCACCTCCCAAGCCTACCGCCACCGTGCCCCAGCCATCAGATATCACAAACCAGATTCCGGCCGGGATTCAGCAGGGTAGCCAGGCAAACAACTATTTCCGAGCTGAAGGGCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_008712|LXL04_008712|OH1004|CDS

ATGGGCCGTGGAGTCAGCAGCGGTGGAGGACAGAGTTCACTCGACTACCTTTTCGGAAATGGAGAGCCAAAGCCCACCACAGGCAAGCCAGAGGCGGTTGCTCCAGCTCCGGTGAACCACATACACGTAGCCGCCACCAATGAGCCACCTCCCAAGCCTACCGCCACCGTGCCCCAGCCATCAGATATCACAAACCAGATTCCGGCCGGGATTCAGCAGGGTAGCCAGGCAAACAACTATTTCCGAGCTGAAGGGCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_008712|LXL04_008712|OH1004|PROTEIN

MGRGVSSGGGQSSLDYLFGNGEPKPTTGKPEAVAPAPVNHIHVAATNEPPPKPTATVPQPSDITNQIPAGIQQGSQANNYFRAEGQNTGNFLTDRPSTKVHAAPGGGSSLGYLFGDGSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008712`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008712

位置 Chr02:106618912-106619377 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26355`	与SPR1冗余作用，维持对各向异性细胞生长至关重要的皮质微管组织。	暂无已核实直接文献
`At1g69230`	与SPR1冗余作用，维持对各向异性细胞生长至关重要的皮质微管组织。	暂无已核实直接文献
`At2g03680`	细胞伸长方向控制所需。	The SPIRAL genes are required for directional control of cell elongation in Aarabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.20.4443 SPIRAL1 encodes a plant-specific microtubule-localized protein required for directional control of rapidly expanding Arabidopsis cells.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017830 The Arabidopsis sku6/spiral1 gene encodes a plus end-localized microtubule-interacting protein involved in directional cell expansion.2004 · DOI: 10.1105/tpc.020644 Role of the SPIRAL1 gene family in anisotropic growth of Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pcj020 Salt stress-induced disassembly of Arabidopsis cortical microtubule arrays involves 26S proteasome-dependent degradation of SPIRAL1.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.089920
`At5g15600`	与SPR1冗余作用，维持对各向异性细胞生长至关重要的皮质微管组织。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0417800`	在维持皮质微管组织中起作用，这对于各向异性细胞生长至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008712 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0009574 preprophase band 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26355

ath:AT1G69230

ath:AT2G03680

ath:AT5G15600

dosa:Os03g0417800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.802

排名 1 · LXL04_008712 · OH-1004

细胞核0.263

排名 2 · LXL04_008712 · OH-1004

细胞膜0.078

排名 3 · LXL04_008712 · OH-1004

线粒体0.057

排名 4 · LXL04_008712 · OH-1004

内质网0.055

排名 5 · LXL04_008712 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3H4F1`	拟南芥	Protein SPIRAL1-like 1	63.559%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LE54`	拟南芥	Protein SPIRAL1-like 2	58.475%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJW3`	拟南芥	Protein SPIRAL1	53.600%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LF22`	拟南芥	Protein SPIRAL1-like 4	51.261%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7Y1L9`	水稻	Protein SPIRAL1-like 1	79.310%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情