RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008711
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106603757-106605363 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1143 bp · LXL04_008711|LXL04_008711|OH1004|cDNA

ATGCTCCCCGATCTGCAGTACCAAAGGCACATGATAGTTTTAATCGATGTGATTGTGTGTTTAGCTGCTTTTTGGCAGCCAGATGATGCAAGAAGTAAGATGTTCAACAATAATTCAGAAGGGACTAAAGACTTTTCAGGAAAGCAAGAAGCAAATGGAAATGAGCCTATAATATTTCCTAAAAATACATCAACTTCAAGACAATGGGCAGGTTTCAAGAACCCAAGAATCGTAAGGGTGTCAAAGGCTTTTGGAGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · LXL04_008711|LXL04_008711|OH1004|CDS

ATGCTCCCCGATCTGCAGTACCAAAGGCACATGATAGTTTTAATCGATGTGATTGTGTGTTTAGCTGCTTTTTGGCAGCCAGATGATGCAAGAAGTAAGATGTTCAACAATAATTCAGAAGGGACTAAAGACTTTTCAGGAAAGCAAGAAGCAAATGGAAATGAGCCTATAATATTTCCTAAAAATACATCAACTTCAAGACAATGGGCAGGTTTCAAGAACCCAAGAATCGTAAGGGTGTCAAAGGCTTTTGGAGGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

380 aa · LXL04_008711|LXL04_008711|OH1004|PROTEIN

MLPDLQYQRHMIVLIDVIVCLAAFWQPDDARSKMFNNNSEGTKDFSGKQEANGNEPIIFPKNTSTSRQWAGFKNPRIVRVSKAFGGKDRHSKVCTVKGLRDRRIRLSVPTAVQLYDLQDKLGLNQPSKVIDWLLDSTKDDIDKLPPLQMLPGDFNQFIHPPPPPLIPQDLNSPQISFSQFLSNPNATFAKDVGNRTLLYTKQAIKFDNDYDHHGISGDNQRMKGKEAVVENKWQEQENGDGNGGLNFFPIPQYSHPGLFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008711
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008711
位置Chr02:106603757-106605363 (+)
描述Similar to TCP5: Transcription factor TCP5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60970 通过负调节边界特异性基因（如 CUC 基因）的表达，可能通过 miRNA（例如 miR164）的诱导，在茎器官形态发生的控制中发挥关键作用。 暂无已核实直接文献
At3g02150 通过负调节边界特异性基因的表达，可能通过 miRNA的诱导，在茎器官形态发生的控制中发挥关键作用。
Involvement of a nuclear-encoded basic helix-loop-helix protein in transcription of the light-responsive promoter of psbD.2001 · DOI: 10.1104/pp.125.2.595
At5g08070 通过负调节边界特异性基因（如 CUC 基因）的表达，可能通过 miRNA（例如 miR164）的诱导，在茎器官形态发生的控制中发挥关键作用。 暂无已核实直接文献
At1g30210 通过负调节边界特异性基因（如 CUC 基因）的表达，可能通过 miRNA（例如 miR164）的诱导，在茎器官形态发生的控制中发挥关键作用。
ABAP1 is a novel plant Armadillo BTB protein involved in DNA replication and transcription.2008 · DOI: 10.1038/emboj.2008.191
At4g18390 通过负调节边界特异性基因（如 CUC 基因）的表达，可能通过 miRNA（例如 miR164）的诱导，在茎器官形态发生的控制中发挥关键作用。
TCP2 positively regulates HY5/HYH and photomorphogenesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erv495

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0031347 regulation of defense response 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程
GO:2000306 positive regulation of photomorphogenesis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G30210
ath:AT3G02150
ath:AT4G18390
ath:AT5G08070
ath:AT5G60970
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.866
排名 1 · LXL04_008711 · OH-1004
细胞质0.137
排名 2 · LXL04_008711 · OH-1004
内质网0.075
排名 3 · LXL04_008711 · OH-1004
细胞膜0.057
排名 4 · LXL04_008711 · OH-1004
质体0.018
排名 5 · LXL04_008711 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03634.20TCP86-148 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008711PF03634.20TCP861481.4e-2591.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FME3拟南芥Transcription factor TCP579.545%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S7W5拟南芥Transcription factor TCP1369.231%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LEZ9拟南芥Transcription factor TCP1777.381%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C758拟南芥Transcription factor TCP2462.500%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q93V43拟南芥Transcription factor TCP265.278%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看