LXL04_007077 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007077

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 35323331-35324543 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

738 bp · LXL04_007077|LXL04_007077|OH1004|cDNA

ATGTTGTATACCATATCAATCCCCAAACCTTGCTCATCTTATCCAAAACGCCCTTGGCACTCCCAAAACCCTTCAAAACTCAAAATTGGTGGGCTTCGGGTATCAGCCACATTGCCGGAACCCAATGGCGTTAAAGTAGAGTACACCCCATGGCTAATCGTCGGATTGGGGAATCCAGGCAACAAGTATCACGGAACCCGCCACAACGTCGGTTTTGAAATGATTGATCGCATCTCTCAAGAAGAACGGATTGTGATGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

738 bp · LXL04_007077|LXL04_007077|OH1004|CDS

ATGTTGTATACCATATCAATCCCCAAACCTTGCTCATCTTATCCAAAACGCCCTTGGCACTCCCAAAACCCTTCAAAACTCAAAATTGGTGGGCTTCGGGTATCAGCCACATTGCCGGAACCCAATGGCGTTAAAGTAGAGTACACCCCATGGCTAATCGTCGGATTGGGGAATCCAGGCAACAAGTATCACGGAACCCGCCACAACGTCGGTTTTGAAATGATTGATCGCATCTCTCAAGAAGAACGGATTGTGATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

245 aa · LXL04_007077|LXL04_007077|OH1004|PROTEIN

MLYTISIPKPCSSYPKRPWHSQNPSKLKIGGLRVSATLPEPNGVKVEYTPWLIVGLGNPGNKYHGTRHNVGFEMIDRISQEERIVMNTIQSKALVGIGSIGEVPVLLAKPQGYMNFSGESVGPLAAYYQVPLRHILLVYDEMSLPNGVLRLQPKGGHGYHNGLKSVIEHLDGRREFPRFCIGIGDPPGTMDMKAFLLQKFSDLERKEIDAALAQGVDAVRSLVLNGFNDRITRFNLGQKYKYNKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007077`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007077

位置 Chr02:35323331-35324543 (+)

描述 Similar to CRS2: Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16140`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献
`At5g38290`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献
`At5g19830`	该酶的天然底物可能是蛋白质合成过程中从核糖体上脱落的肽酰-tRNA。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0132800`	叶绿体中IIB类内含子剪接所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007077 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0004045 peptidyl-tRNA hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16140

ath:AT5G19830

ath:AT5G38290

dosa:Os01g0132800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · LXL04_007077 · OH-1004

线粒体0.036

排名 2 · LXL04_007077 · OH-1004

细胞质0.026

排名 3 · LXL04_007077 · OH-1004

细胞核0.025

排名 4 · LXL04_007077 · OH-1004

过氧化物酶体0.021

排名 5 · LXL04_007077 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01195.27Pept_tRNA_hydro52-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007077	`PF01195.27`	Pept_tRNA_hydro	52	239	4.1e-64	216.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF14`	拟南芥	Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2-B, chloroplastic	68.067%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKN4`	拟南芥	Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2-A, chloroplastic	67.073%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NLS8`	拟南芥	Peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial	59.391%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ZCL8`	水稻	Chloroplastic group IIB intron splicing facilitator CRS2, chloroplastic	71.963%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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