LXL04_007034 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007034

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 34175506-34178088 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1164 bp · LXL04_007034|LXL04_007034|OH1004|cDNA

ATGGCGTATCAATCCAGCGAAAAAGATATCACAGATGATTTCGATATGCAAAGGATCGGGAACTTTCTCAGTTGTGCTTCGAGAGGTGATAGGGTTGGGCTTAATATGATGTTGAGGGACGGCATTTCTCCTAATGTGCAGGATTACGATAACAGGACTGCTCTTCATCTAGCTGCTAGTGAAGGTCATGCTTCGATTGTAGAGCTTCTTTTGCACTACAAGGCCGATGTTAATCTCGATGATAGATGGCATAGAACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1164 bp · LXL04_007034|LXL04_007034|OH1004|CDS

ATGGCGTATCAATCCAGCGAAAAAGATATCACAGATGATTTCGATATGCAAAGGATCGGGAACTTTCTCAGTTGTGCTTCGAGAGGTGATAGGGTTGGGCTTAATATGATGTTGAGGGACGGCATTTCTCCTAATGTGCAGGATTACGATAACAGGACTGCTCTTCATCTAGCTGCTAGTGAAGGTCATGCTTCGATTGTAGAGCTTCTTTTGCACTACAAGGCCGATGTTAATCTCGATGATAGATGGCATAGAACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

387 aa · LXL04_007034|LXL04_007034|OH1004|PROTEIN

MAYQSSEKDITDDFDMQRIGNFLSCASRGDRVGLNMMLRDGISPNVQDYDNRTALHLAASEGHASIVELLLHYKADVNLDDRWHRTPLTDARLYGHRDICRILEVNGGKDSIMNSPMTVRHEEDAKEVNIEISEINSEHSEKIEQGVFGNSEKVKWRGTWVVKTKIKRQINFPVKMVLSANDNTRLRELRHPNILQFLGSIMHDGQMILITEHLSRGSLDDILKKRIGLDLQLALRFALDIARGMNYLHHHTPCPIIHNH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007034`
TK1151 ID	TkA03G105100
OH-1004 ID	LXL04_007034
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007034

位置 Chr02:34175506-34178088 (-)

描述 Similar to ILK1: Integrin-linked protein kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18950`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过丝氨酸和苏氨酸残基磷酸化蛋白（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At2g43850`	作为植物防御途径、应激反应和钾稳态之间的连接。	暂无已核实直接文献
`At1g14000`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能作为BRL2的适配蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g03730`	在乙烯反应途径中充当负调节剂。	CTR1 phosphorylates the central regulator EIN2 to control ethylene hormone signaling from the ER membrane to the nucleus in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1214848109 Unsaturation of very-long-chain ceramides protects plant from hypoxia-induced damages by modulating ethylene signaling in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005143 CTR1, a negative regulator of the ethylene response pathway in Arabidopsis, encodes a member of the raf family of protein kinases.1993 · DOI: 10.1016/0092-8674(93)90119-b

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007034 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007229 integrin-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009750 response to fructose 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14000

ath:AT2G43850

ath:AT4G18950

ath:AT5G03730

ddi:DDB_G0271682

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.632

排名 1 · LXL04_007034 · OH-1004

细胞核0.293

排名 2 · LXL04_007034 · OH-1004

细胞膜0.188

排名 3 · LXL04_007034 · OH-1004

线粒体0.070

排名 4 · LXL04_007034 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_007034 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_225-103 aa

PF13857.13Ank_538-88 aa

PF13637.13Ank_440-71 aa

PF00023.37Ank50-81 aa

PF13606.13Ank_350-78 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr140-373 aa

PF00069.32Pkinase140-356 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007034	`PF12796.14`	Ank_2	25	103	1.5e-12	48.6
LXL04_007034	`PF13857.13`	Ank_5	38	88	1.1e-08	35.9
LXL04_007034	`PF13637.13`	Ank_4	40	71	3.3e-07	31.2
LXL04_007034	`PF00023.37`	Ank	50	81	9.3e-13	48.4
LXL04_007034	`PF13606.13`	Ank_3	50	78	1.5e-06	28.7
LXL04_007034	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	140	373	2.8e-23	83.3
LXL04_007034	`PF00069.32`	Pkinase	140	356	4e-18	66.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z30`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase 12	33.504%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IS56`	拟南芥	Integrin-linked protein kinase 1	34.177%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XI87`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase VIK	31.486%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q05609`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase CTR1	29.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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