LXL04_006952 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006952

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 31920631-31925955 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2871 bp · LXL04_006952|LXL04_006952|OH1004|cDNA

ATGAATTATGACACTAACCGCACTCGTCATGAGACCGTGATCAATATAGTGAAGCCCACAGGGTTCACCGGCGGGTTAGAGTTTGTGAACCTGACCTACACCGTGACCAAGAAAAAGAAGACCGATGATGGCAAATGGGTTAACCAGGACACCGACTTGTTGAACCGGATCACAGGATTCGCACCCAAAGGGTGCGTGACCGCGGTCATGGGTCCAAGTGGTGCGGGGAAGTCTACTTTTTTGGATGGGTTAGCTGGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2871 bp · LXL04_006952|LXL04_006952|OH1004|CDS

ATGAATTATGACACTAACCGCACTCGTCATGAGACCGTGATCAATATAGTGAAGCCCACAGGGTTCACCGGCGGGTTAGAGTTTGTGAACCTGACCTACACCGTGACCAAGAAAAAGAAGACCGATGATGGCAAATGGGTTAACCAGGACACCGACTTGTTGAACCGGATCACAGGATTCGCACCCAAAGGGTGCGTGACCGCGGTCATGGGTCCAAGTGGTGCGGGGAAGTCTACTTTTTTGGATGGGTTAGCTGGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

956 aa · LXL04_006952|LXL04_006952|OH1004|PROTEIN

MNYDTNRTRHETVINIVKPTGFTGGLEFVNLTYTVTKKKKTDDGKWVNQDTDLLNRITGFAPKGCVTAVMGPSGAGKSTFLDGLAGRIASGSLKGKVLLDGAEMSPSLIKRTSAYIMQDDRLFSMLTVYETLMFAADFRLGSIPKAEKRRRVEMLIEQLGLSSARNTYIGDEGTRGVSGGERRRVSIGVDIIHGPSLLFLDEPTSGLDSTSAQSVIEKVHNIAQTGSTVVLTIHQPSSRILLLLDHLIILARGQLMYQGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006952`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006952

位置 Chr02:31920631-31925955 (+)

描述 Similar to STR2: ABC transporter G family member STR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55130`	赋予对卡那霉素的选择性抗性。	Overexpression of an Arabidopsis thaliana ABC transporter confers kanamycin resistance to transgenic plants.2005 · DOI: 10.1038/nbt1134
`At3g55110`	ABC转运蛋白G家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g53510`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006952 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005775 vacuolar lumen 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0085042 periarbuscular membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53510

ath:AT3G55110

ath:AT3G55130

mtr:11407838

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.620

排名 1 · LXL04_006952 · OH-1004

内质网0.125

排名 2 · LXL04_006952 · OH-1004

细胞质0.102

排名 3 · LXL04_006952 · OH-1004

溶酶体／液泡0.088

排名 4 · LXL04_006952 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 5 · LXL04_006952 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13481.13AAA_2550-134 aa

PF00005.34ABC_tran56-205 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7234-290 aa

PF01061.30ABC2_membrane448-654 aa

PF00076.29RRM_1810-875 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006952	`PF13481.13`	AAA_25	50	134	8.8e-06	26.2
LXL04_006952	`PF00005.34`	ABC_tran	56	205	1.5e-24	87.9
LXL04_006952	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	234	290	2.4e-06	27.4
LXL04_006952	`PF01061.30`	ABC2_membrane	448	654	4e-39	135.1
LXL04_006952	`PF00076.29`	RRM_1	810	875	8e-12	45.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3D6`	拟南芥	ABC transporter G family member 19	40.030%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2V5`	拟南芥	ABC transporter G family member 18	39.072%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFG8`	拟南芥	ABC transporter G family member 20	39.628%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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