LXL04_006550 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006550

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 13257277-13259659 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · LXL04_006550|LXL04_006550|OH1004|cDNA

GAGGCGGAAGTGAAGAATGAGGAAGCTAATGCTGGTGGTGCTTCCAAATATGGGAAAAGAAATGTTAAGGCAGTTGATCCGGATCCACATGGCGAGAAGTTATTGCAGATGGAATCCCAAATTCATTACCTTGAGCAAGTGGCATACAGCTCAGTCCTACGAGCTTTCAAAGCACAATCAGATGCCCTTTCTTGGGAGAAAGAAGGACTGATAACAGAACTCCGAAAAGAGCTGCGAGTCTCTGATGATGAACACAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

879 bp · LXL04_006550|LXL04_006550|OH1004|CDS

TTGCAGATGGAATCCCAAATTCATTACCTTGAGCAAGTGGCATACAGCTCAGTCCTACGAGCTTTCAAAGCACAATCAGATGCCCTTTCTTGGGAGAAAGAAGGACTGATAACAGAACTCCGAAAAGAGCTGCGAGTCTCTGATGATGAACACAGAGAACTACTCTCAGATGACATCATCATAAGGATCAGGGAGGGAAAAGGTGCAGTCCAAAAAAAGGTCAATGCTCTTCGTGAACTAAGACGCTTATTATCAAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

292 aa · LXL04_006550|LXL04_006550|OH1004|PROTEIN

MQMESQIHYLEQVAYSSVLRAFKAQSDALSWEKEGLITELRKELRVSDDEHRELLSDDIIIRIREGKGAVQKKVNALRELRRLLSKSGAIPLLAQCLSFGSQDEQLLEAAWCLTNIAAGKPEETRALLPALPLLIAYIGEKSSVPVAEQCAWAIGNVAGEGDELRQILISQGTLLPLAKMMLPNKGSTGPDPKAATELIKVDGVVEAILRHLRKSVLVKTDVLQLLVERLMLIPQLEALVGRHSRPLTFWIGSQQKKQCF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006550`
TK1151 ID	TkA04G376720
OH-1004 ID	LXL04_006550
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.856 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006550

位置 Chr02:13257277-13259659 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03070`	结合常规核定位信号（NLS）基序，并介导蛋白穿过核膜的核内导入（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At3g12140`	可能参与染色质状态的调控（可能）。	EMSY-like genes are required for full RPP7-mediated race-specific immunity and basal defense in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-05-11-0123
`At5g13020`	可能参与染色质状态的调控（可能）。	暂无已核实直接文献
`At2g44440`	可能参与染色质状态的调控（可能）。	EMSY-like genes are required for full RPP7-mediated race-specific immunity and basal defense in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-05-11-0123

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0158000`	特异性直接结合含有简单或双组分核定位信号 (NLS) 基序的底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006550 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0042564 NLS-dependent protein nuclear import complex 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0008139 nuclear localization sequence binding 分子功能

GO:0031491 nucleosome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G44440

ath:AT3G12140

ath:AT5G03070

ath:AT5G13020

dosa:Os01g0158000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · LXL04_006550 · OH-1004

细胞核0.357

排名 2 · LXL04_006550 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 3 · LXL04_006550 · OH-1004

线粒体0.097

排名 4 · LXL04_006550 · OH-1004

内质网0.091

排名 5 · LXL04_006550 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03735.21ENT1-67 aa

PF00514.30Arm79-118 aa

PF30746.1TMCO6100-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006550	`PF03735.21`	ENT	1	67	1e-23	83.8
LXL04_006550	`PF00514.30`	Arm	79	118	2.8e-10	40.6
LXL04_006550	`PF30746.1`	TMCO6	100	179	2.9e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KF65`	拟南芥	Importin subunit alpha-9	57.391%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7C4`	拟南芥	Protein EMSY-LIKE 1	74.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4K2F0`	拟南芥	Protein EMSY-LIKE 3	66.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q08A72`	拟南芥	Protein EMSY-LIKE 4	70.149%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FYP9`	水稻	Importin subunit alpha-2	53.043%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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