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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_006533
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 13049102-13057594 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3468 bp · LXL04_006533|LXL04_006533|OH1004|cDNA

ATGTCGGAAACAATTGAAGAAGAGAATTTACTCGCGGCTGCTAATCTTATCCTCACGGCACTTGATTCCAACAAGAAAATCACCAATGGAACAAAAAAAGTCTTGGTGGATTTGGGCATCCGATTGACTTCCATGGCCAAAGCTACTGTACACGAAGatggagatgatgaagaagatgaagataaAGAACTTAGCGATATTAAATCACAGATCAATTCGATTCAAGAAAAGATCATGAATTGGGAAGGAGACGAATCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3468 bp · LXL04_006533|LXL04_006533|OH1004|CDS

ATGTCGGAAACAATTGAAGAAGAGAATTTACTCGCGGCTGCTAATCTTATCCTCACGGCACTTGATTCCAACAAGAAAATCACCAATGGAACAAAAAAAGTCTTGGTGGATTTGGGCATCCGATTGACTTCCATGGCCAAAGCTACTGTACACGAAGATGGAGATGATGAAGAAGATGAAGATAAAGAACTTAGCGATATTAAATCACAGATCAATTCGATTCAAGAAAAGATCATGAATTGGGAAGGAGACGAATCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1155 aa · LXL04_006533|LXL04_006533|OH1004|PROTEIN

MSETIEEENLLAAANLILTALDSNKKITNGTKKVLVDLGIRLTSMAKATVHEDGDDEEDEDKELSDIKSQINSIQEKIMNWEGDESMIWDSDPEEAKEYLKTVDEARRLSESLENLKLGKDDNTLLRNINAILQTSMARMEEEFRHILVHNRQNFEPEHFSFRSNEDDGFDENSVLSFGDDSIDDSVQRDSVSRGSEVFVMDLINPTVIPDLKGIANSMFDSNYGRECTHAFISVRKDALDDCLFILEIEKLSIEDVVKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_006533
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_006533
位置Chr02:13049102-13057594 (+)
描述Similar to WDR12: Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15550 参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。 暂无已核实直接文献
At5g61010 影响SEC5A、SEC15A、SEC15B和EXO84B等胞吐复合体（exocyst）蛋白的亚细胞定位，促使其被募集至分布于胞质中的明显大点状胞吐复合体结构。
EXPO, an exocyst-positive organelle distinct from multivesicular endosomes and autophagosomes, mediates cytosol to cell wall exocytosis in Arabidopsis and tobacco cells.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080697
Exo70E2 is essential for exocyst subunit recruitment and EXPO formation in both plants and animals.2014 · DOI: 10.1091/mbc.e13-10-0586
At5g58430 胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。
Arabidopsis exocyst subcomplex containing subunit EXO70B1 is involved in autophagy-related transport to the vacuole.2013 · DOI: 10.1111/tra.12101
The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347
At1g07000 胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。
The role for the exocyst complex subunits Exo70B2 and Exo70H1 in the plant-pathogen interaction.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq402
The ubiquitin ligase PUB22 targets a subunit of the exocyst complex required for PAMP-triggered responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104463
The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0600400 参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0006887 exocytosis 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G07000
ath:AT5G15550
ath:AT5G58430
ath:AT5G61010
dosa:Os07g0600400
osa:4343819
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538
排名 1 · LXL04_006533 · OH-1004
细胞核0.313
排名 2 · LXL04_006533 · OH-1004
细胞膜0.215
排名 3 · LXL04_006533 · OH-1004
溶酶体／液泡0.089
排名 4 · LXL04_006533 · OH-1004
高尔基体0.083
排名 5 · LXL04_006533 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20669.4Exo70_N71-149 aa
PF03081.23Exo70_C271-644 aa
PF08154.19NLE731-798 aa
PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd828-903 aa
PF24807.2WD40_CDC20-Fz830-959 aa
PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st831-907 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR5833-958 aa
PF23414.2Beta-prop_EML_2836-965 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_006533PF20669.4Exo70_N711498.9e-1452.2
LXL04_006533PF03081.23Exo70_C2716443.3e-120402.3
LXL04_006533PF08154.19NLE7317981.4e-1971.0
LXL04_006533PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd8289035e-2072.4
LXL04_006533PF24807.2WD40_CDC20-Fz8309591.4e-1971.2
LXL04_006533PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st8319077.1e-30104.8
LXL04_006533PF25175.2Beta-prop_WDR58339581.3e-33117.3
LXL04_006533PF23414.2Beta-prop_EML_28369654e-1350.1
LXL04_006533PF24814.2WD40_Prp198379711.2e-2694.2
LXL04_006533PF25174.2Beta-prop_THOC38399094.4e-32111.9
LXL04_006533PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st8399654.7e-2795.8
LXL04_006533PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd8399552.7e-1453.8
LXL04_006533PF25391.2WD40_Gbeta8419548.7e-1142.1
LXL04_006533PF00400.39WD408589021.1e-32111.7
LXL04_006533PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd86211061.7e-0628.0
LXL04_006533PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR187010617.4e-1555.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LF27拟南芥Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog68.281%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FNR3拟南芥Exocyst complex component EXO70E237.500%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FGH9拟南芥Exocyst complex component EXO70B131.259%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LMJ4拟南芥Exocyst complex component EXO70B229.008%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8H594水稻Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog63.504%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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