LXL04_006297 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006297

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 6330933-6338426 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3563 bp · LXL04_006297|LXL04_006297|OH1004|cDNA

TTCATACTTCACGGGCGGTGATTGTTTTTTAACTTGATCTGAATTCGAGTTGTAATCTCGGAAGTGAGATGACGAGGTTTCATGTCAATGGCAAAGTAGTTGACACTGTTGATTTGCTGCGGAAGAGGCACTGGCCATGGCGATTTGATTCATGGCCATTTGCTATACTTTATGCTACATGGATGATTCTTATCGTACCCAGTCTAGATTTCCTTGACGCATTTATAATTTTTGGTGGTCTGCTTGCTGTCCACATATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3525 bp · LXL04_006297|LXL04_006297|OH1004|CDS

CTGAATTCGAGTTGTAATCTCGGAAGTGAGATGACGAGGTTTCATGTCAATGGCAAAGTAGTTGACACTGTTGATTTGCTGCGGAAGAGGCACTGGCCATGGCGATTTGATTCATGGCCATTTGCTATACTTTATGCTACATGGATGATTCTTATCGTACCCAGTCTAGATTTCCTTGACGCATTTATAATTTTTGGTGGTCTGCTTGCTGTCCACATATTGGTGTTCCTCTTTACAGTATGGTCTGTGGATTTTAAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1174 aa · LXL04_006297|LXL04_006297|OH1004|PROTEIN

MNSSCNLGSEMTRFHVNGKVVDTVDLLRKRHWPWRFDSWPFAILYATWMILIVPSLDFLDAFIIFGGLLAVHILVFLFTVWSVDFKCFVQYSKVKDINHANACKITPAKFCGSKEVVPLNFRKVLGGSSTEEIYFDFRKQCFIYSNEKKTFCKLPYPSKETIGYYLKSTGHGTEAKVQVAAEKWGRNVFEYPQPTFQKLMKEHCMEPFFVFQVFCVGLWCLDEYWYYSLFTLFMLFMFESTMAKSRLKTLSELRRVRVDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006297`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006297

位置 Chr02:6330933-6338426 (-)

描述 Similar to PDR2: Probable manganese-transporting ATPase PDR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23630`	介导锰离子进入内质网。	Arabidopsis pdr2 reveals a phosphate-sensitive checkpoint in root development.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02005.x ER-resident proteins PDR2 and LPR1 mediate the developmental response of root meristems to phosphate availability.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901778106

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006297 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010152 pollen maturation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程

GO:0030026 intracellular manganese ion homeostasis 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0034214 protein hexamerization 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0043335 protein unfolding 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23630

hsa:57130

mmu:170759

sce:YEL031W

spo:2542381

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.522

排名 1 · LXL04_006297 · OH-1004

高尔基体0.253

排名 2 · LXL04_006297 · OH-1004

细胞膜0.198

排名 3 · LXL04_006297 · OH-1004

细胞质0.140

排名 4 · LXL04_006297 · OH-1004

溶酶体／液泡0.077

排名 5 · LXL04_006297 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23143.22TM_P5A-ATPase30-95 aa

PF00122.26E1-E2_ATPase265-393 aa

PF13246.13Cation_ATPase547-683 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006297	`PF23143.2`	2TM_P5A-ATPase	30	95	6.2e-20	71.7
LXL04_006297	`PF00122.26`	E1-E2_ATPase	265	393	1.5e-14	54.3
LXL04_006297	`PF13246.13`	Cation_ATPase	547	683	1.9e-12	48.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT02`	拟南芥	Probable manganese-transporting ATPase PDR2	74.957%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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