LXL04_005817 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005817

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 173844070-173847042 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

885 bp · LXL04_005817|LXL04_005817|OH1004|cDNA

ATGCTACCCTACGCCTCCATACACGACGCCGAGACCGCCATCGGCCGATCACTCACCGCCGCCGAAGCCTTCTGGTTCAATTACTCCGCCACCAAATCCGATTACTTCCTCTACTGCCACAATATCCTCTTCCTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGTCCCTCTCTTCTACGTCTCCATCGAGCTCGTGTTCTCCAGATACGTTACGCCTTACAAAATTCAACCTAAAGTTAAGAACTCGTTTCTGGATAATCTCAATTGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · LXL04_005817|LXL04_005817|OH1004|CDS

ATGCTACCCTACGCCTCCATACACGACGCCGAGACCGCCATCGGCCGATCACTCACCGCCGCCGAAGCCTTCTGGTTCAATTACTCCGCCACCAAATCCGATTACTTCCTCTACTGCCACAATATCCTCTTCCTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGTCCCTCTCTTCTACGTCTCCATCGAGCTCGTGTTCTCCAGATACGTTACGCCTTACAAAATTCAACCTAAAGTTAAGAACTCGTTTCTGGATAATCTCAATTGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

294 aa · LXL04_005817|LXL04_005817|OH1004|PROTEIN

MLPYASIHDAETAIGRSLTAAEAFWFNYSATKSDYFLYCHNILFLFLVFSLVPLFYVSIELVFSRYVTPYKIQPKVKNSFLDNLNCYFDVMRMFILVVGPLQLVSYPSIKMIGIRTSLPLPSLMEITSQLFVYFLVEDFTNYWIHRFLHGKWGYEKIHKVHHEYTAPIGYAAPYAHWAEVLILGIPSFLGPAMVPGHMITFWLWIALRQIEAIETHSGYDFPWTLTKFIPFYGGADYHDYHHYVGGQSQSNFASVFTYCD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005817`
TK1151 ID	TkAUNG003990
OH-1004 ID	LXL04_005817
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005817

位置 Chr01:173844070-173847042 (-)

描述 Similar to SMO1-2: Methylsterol monooxygenase 1-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22756`	非血红素铁氧化酶，参与甾醇生物合成，通过催化去除C-4位的第一个甲基基团（通过相似性推测）。	Arabidopsis ACYL-COA-BINDING PROTEIN1 interacts with STEROL C4-METHYL OXIDASE1-2 to modulate gene expression of homeodomain-leucine zipper IV transcription factors.2018 · DOI: 10.1111/nph.14965 The SMO1 Family of Sterol 4α-Methyl Oxidases Is Essential for Auxin- and Cytokinin-Regulated Embryogenesis.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00144
`At4g12110`	非血红素铁氧化酶，通过催化去除 C-4 位的第一个甲基参与类固醇生物合成。	Acyl-CoA-Binding Protein ACBP1 Modulates Sterol Synthesis during Embryogenesis.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00412 The SMO1 Family of Sterol 4α-Methyl Oxidases Is Essential for Auxin- and Cytokinin-Regulated Embryogenesis.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00144
`At4g22755`	非血红素铁氧化酶，参与甾醇生物合成，通过催化去除C-4位的第一个甲基基团（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g07420`	非血红素铁氧化酶，参与类固醇生物合成，通过催化去除C-4位置的第二个甲基。	Functional identification of sterol-4alpha-methyl oxidase cDNAs from Arabidopsis thaliana by complementation of a yeast erg25 mutant lacking sterol-4alpha-methyl oxidation.2001 · DOI: 10.1016/s0014-5793(01)03002-2 Sterol Methyl Oxidases Affect Embryo Development via Auxin-Associated Mechanisms.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01814

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0545200`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005817 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0055089 fatty acid homeostasis 生物过程

GO:0055092 sterol homeostasis 生物过程

GO:0080064 4,4-dimethyl-9beta,19-cyclopropylsterol oxidation 生物过程

GO:0080065 4-alpha-methyl-delta7-sterol oxidation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000254 C-4 methylsterol oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07420

ath:AT4G12110

ath:AT4G22755

ath:AT4G22756

dosa:Os10g0545200

osa:4349278

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.886

排名 1 · LXL04_005817 · OH-1004

细胞质0.060

排名 2 · LXL04_005817 · OH-1004

细胞核0.055

排名 3 · LXL04_005817 · OH-1004

线粒体0.049

排名 4 · LXL04_005817 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 5 · LXL04_005817 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04116.20FA_hydroxylase131-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005817	`PF04116.20`	FA_hydroxylase	131	265	7e-28	98.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1EC69`	拟南芥	Methylsterol monooxygenase 1-2	75.779%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L7W5`	拟南芥	Methylsterol monooxygenase 1-1	72.819%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JLZ6`	拟南芥	Methylsterol monooxygenase 1-3	66.894%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VWZ8`	拟南芥	Methylsterol monooxygenase 2-2	43.701%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9AV39`	水稻	Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-10	68.729%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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