LXL04_005714 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005714

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 171786393-171789929 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2118 bp · LXL04_005714|LXL04_005714|OH1004|cDNA

ATGGCTGATGATTATCAAATGGCGCTTCATCGTATGCAAACTCAGACTTCTATatttgttgatgatttttcgCTCAAAGACTATGTCCTCACAGAAATTGAAAGATTATTAAATTCCTCAATTCCCTCTAAATCCTTGAGCGACTTTCACCTTCCACTACCGTCCAACATAAAAGGTCGATTCATCCAAAATCGACTTCTTTTAGAAGAGAAATCCTATGACCGAACTACATTGCATAATGAACATGCAATGATGGTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · LXL04_005714|LXL04_005714|OH1004|CDS

ATGGCTGATGATTATCAAATGGCGCTTCATCGTATGCAAACTCAGACTTCTATATTTGTTGATGATTTTTCGCTCAAAGACTATGTCCTCACAGAAATTGAAAGATTATTAAATTCCTCAATTCCCTCTAAATCCTTGAGCGACTTTCACCTTCCACTACCGTCCAACATAAAAGGTCGATTCATCCAAAATCGACTTCTTTTAGAAGAGAAATCCTATGACCGAACTACATTGCATAATGAACATGCAATGATGGTTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · LXL04_005714|LXL04_005714|OH1004|PROTEIN

MADDYQMALHRMQTQTSIFVDDFSLKDYVLTEIERLLNSSIPSKSLSDFHLPLPSNIKGRFIQNRLLLEEKSYDRTTLHNEHAMMVTQLNPDQLTIYEKVRSAITSNQQILLFVYGHGGTGKTFLWSTIIAFFRSIGKIVLVVAGSGIASLLLPSGRTAHSRFNIPLHVSNSSMCNIKKGTHLAALLQETSIIIWDEATMTDRRCFECVDRSLRDILDRKDIPFGGISVLLGGDFRQTLPVKPKKSMAEIISATLPNSTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005714`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005714

位置 Chr01:171786393-171789929 (+)

描述 Similar to PIF4: ATP-dependent DNA helicase PIF4 (Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45400`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005714 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0071932 replication fork reversal 生物过程

GO:0097046 replication fork progression beyond termination site 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G45400

prw:PsycPRwf_1560

sce:YHR031C

tbr:Tb11.01.6420

tbr:Tb11.02.4730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.820

排名 1 · LXL04_005714 · OH-1004

细胞质0.258

排名 2 · LXL04_005714 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_005714 · OH-1004

细胞外0.021

排名 4 · LXL04_005714 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 5 · LXL04_005714 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970.21PIF188-297 aa

PF13604.13AAA_3089-258 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005714	`PF05970.21`	PIF1	88	297	4.6e-76	256.0
LXL04_005714	`PF13604.13`	AAA_30	89	258	5.3e-07	30.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHJ6`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C	25.253%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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