LXL04_005690 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005690

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170939034-170942849 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

506 bp · LXL04_005690|LXL04_005690|OH1004|cDNA

CATTtatgtctgcgggcgggaagaggTTTTGGTCTGCAGAGTTGAAAAGAGCGTTTGTTTTTTGGAAGACAAAAGAGGTTTGCAGAGGTAAAAacgtctgcgggcgggaagacgtGCAAACTCGAAATCGGCCGGTGTTACCTTCGATCGCAGCTAAGCTAGACGTCGCTGGCCCCGAAATCGCCGGCATTAACTCCGTTCGCGACTTTCTAGACCACCGCGTTGTTCTCGACCACCGGACCACCTACAATCGCACCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

501 bp · LXL04_005690|LXL04_005690|OH1004|CDS

ATGTCTGCGGGCGGGAAGAGGTTTTGGTCTGCAGAGTTGAAAAGAGCGTTTGTTTTTTGGAAGACAAAAGAGGTTTGCAGAGGTAAAAACGTCTGCGGGCGGGAAGACGTGCAAACTCGAAATCGGCCGGTGTTACCTTCGATCGCAGCTAAGCTAGACGTCGCTGGCCCCGAAATCGCCGGCATTAACTCCGTTCGCGACTTTCTAGACCACCGCGTTGTTCTCGACCACCGGACCACCTACAATCGCACCTGTTCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

166 aa · LXL04_005690|LXL04_005690|OH1004|PROTEIN

MSAGGKRFWSAELKRAFVFWKTKEVCRGKNVCGREDVQTRNRPVLPSIAAKLDVAGPEIAGINSVRDFLDHRVVLDHRTTYNRTCSASFLLDTSILFSASIMFSISILFNASFILPPISQLSLILRGANDFMLDEMDTGLHDADCIVKRTIQSNTVVAGGGAIEAV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005690`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005690

位置 Chr01:170939034-170942849 (-)

描述 Similar to CCT1: T-complex protein 1 subunit alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20050`	分子伴侣；通过ATP水解辅助蛋白折叠。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007021 tubulin complex assembly 生物过程

GO:0032212 positive regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0090666 scaRNA localization to Cajal body 生物过程

GO:1904851 positive regulation of establishment of protein localization to telomere 生物过程

GO:1904871 positive regulation of protein localization to Cajal body 生物过程

GO:1904874 positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body 生物过程

GO:0000242 pericentriolar material 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

GO:0001669 acrosomal vesicle 细胞组分

GO:0002199 zona pellucida receptor complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20050

cge:100689476

hsa:6950

mdo:497250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.379

排名 1 · LXL04_005690 · OH-1004

细胞核0.339

排名 2 · LXL04_005690 · OH-1004

线粒体0.156

排名 3 · LXL04_005690 · OH-1004

细胞外0.074

排名 4 · LXL04_005690 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 5 · LXL04_005690 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00118.30Cpn60_TCP1121-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005690	`PF00118.30`	Cpn60_TCP1	121	165	7.5e-10	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P28769`	拟南芥	T-complex protein 1 subunit alpha	76.596%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情