LXL04_005110 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005110

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 155149339-155154182 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4204 bp · LXL04_005110|LXL04_005110|OH1004|cDNA

ATGGCCAACTATAAGTCTATAAGGACCAAACCCGTATTTTACTCTTTAATATAATAGACTTTTGTGCATTGAAATTGTCAAACACTCAAACCGCCGTAATGGATGTTTATGCAGATAGTTCTGTTCCAACTACACCCCCACTATACCAATGGAAGATAGTCAAGATACCCAACTTACTACTACAGAAACAATGGAAGAGAACCAGAGACTACTATTTGCCATTAACGGAGAGCGCTTTGAGCTCTCTTCGATAGATCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4050 bp · LXL04_005110|LXL04_005110|OH1004|CDS

ATGGAAGATAGTCAAGATACCCAACTTACTACTACAGAAACAATGGAAGAGAACCAGAGACTACTATTTGCCATTAACGGAGAGCGCTTTGAGCTCTCTTCGATAGATCCTTCAATTACTCTGCTTCAATTCCTTCGTTCTCATACTCGCTTCAAGAGTGTGAAGCTCGGTTGCGGTGAAGGTGGTTGTGGTGCTTGTAATGTTCTACTATCCAAATTCGACTCCAACCTCAATCAAGTTGAAGATTACAAAGTGAGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1349 aa · LXL04_005110|LXL04_005110|OH1004|PROTEIN

MEDSQDTQLTTTETMEENQRLLFAINGERFELSSIDPSITLLQFLRSHTRFKSVKLGCGEGGCGACNVLLSKFDSNLNQVEDYKVSSCLTPLCSINGCSITTTEGLGNIKDGFHSIHQRFAGFHGSQCGFCTPGMCVSLFSALVNADKKTEHQEPPVGFSNLTVSEAEKSISGNLCRCTGYRPIADVCKSFACDVDMEDLGLNSFWKKGDDVDSKSQKLPFYDPKQICTYPEFLKKEHKSPMYMEYNKRFWYTPVSINEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005110`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005110

位置 Chr01:155149339-155154182 (+)

描述 Similar to AAO2: Indole-3-acetaldehyde oxidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43600`	在高等植物中，醛氧化酶（AO）似乎是由AO亚基组成的同源和异源二聚体，可能具有不同的生理功能。	暂无已核实直接文献
`At5g20960`	在高等植物中，醛氧化酶（AO）似乎是由AO亚基组成的同源和异源二聚体，可能具有不同的生理功能。	暂无已核实直接文献
`At2g27150`	在高等植物中，醛氧化酶似乎是 AO 亚基的同二聚体和异二聚体组装体，可能具有不同的生理功能。	Abscisic aldehyde oxidase in leaves of Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00812.x The Arabidopsis aldehyde oxidase 3 (AAO3) gene product catalyzes the final step in abscisic acid biosynthesis in leaves.2000 · DOI: 10.1073/pnas.220426197 Comparative studies on the Arabidopsis aldehyde oxidase (AAO) gene family revealed a major role of AAO3 in ABA biosynthesis in seeds.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch198 Both abscisic acid (ABA)-dependent and ABA-independent pathways govern the induction of NCED3, AAO3 and ABA1 in response to salt stress.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01576.x
`At1g04580`	醛氧化酶具有广泛的底物特异性。	An aldehyde oxidase in developing seeds of Arabidopsis converts benzaldehyde to benzoic Acid.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135848 Aldehyde Oxidase 4 Plays a Critical Role in Delaying Silique Senescence by Catalyzing Aldehyde Detoxification.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01939

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0110096 cellular response to aldehyde 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004031 aldehyde oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04580

ath:AT2G27150

ath:AT3G43600

ath:AT5G20960

zma:542229

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.728

排名 1 · LXL04_005110 · OH-1004

细胞核0.246

排名 2 · LXL04_005110 · OH-1004

线粒体0.099

排名 3 · LXL04_005110 · OH-1004

过氧化物酶体0.083

排名 4 · LXL04_005110 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_005110 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00111.33Fer224-92 aa

PF01799.26Fer2_2102-188 aa

PF00941.28FAD_binding_5251-425 aa

PF03450.23CO_deh_flav_C447-547 aa

PF01315.28Ald_Xan_dh_C605-709 aa

PF02738.24MoCoBD_1739-968 aa

PF20256.4MoCoBD_2997-1260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005110	`PF00111.33`	Fer2	24	92	4.1e-06	27.4
LXL04_005110	`PF01799.26`	Fer2_2	102	188	1e-20	74.3
LXL04_005110	`PF00941.28`	FAD_binding_5	251	425	3e-38	132.0
LXL04_005110	`PF03450.23`	CO_deh_flav_C	447	547	9.7e-20	71.3
LXL04_005110	`PF01315.28`	Ald_Xan_dh_C	605	709	2.2e-24	86.6
LXL04_005110	`PF02738.24`	MoCoBD_1	739	968	4.4e-79	265.7
LXL04_005110	`PF20256.4`	MoCoBD_2	997	1260	3e-69	234.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7G192`	拟南芥	Indole-3-acetaldehyde oxidase	60.149%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7G193`	拟南芥	Indole-3-acetaldehyde oxidase	60.221%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7G9P4`	拟南芥	Abscisic-aldehyde oxidase	59.377%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7G191`	拟南芥	Aldehyde oxidase 4	59.141%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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