LXL04_004727 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004727

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 144757029-144758642 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1614 bp · LXL04_004727|LXL04_004727|OH1004|cDNA

ATGTGGAACTTCAGAAGAAAATTTGCGCGATCACTGTTACTGCTTTCACATCGCAATAATTTCAGTTCAAGAAGTAATCATACCGTCATTCACTCAACGCAAATTATCACTTACCATGTAAATCTGTCCAAACCCTCGACAAGTTTTTCGGTTAAACCCTCTGGCTTTCCAATATTTTTCTCTTCATCAGCTTCGAAACGTGAAGGGAATTCAGATTCCGATGAGCTCCGTGAAAACCAATTAGAAGATGACGGTGAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · LXL04_004727|LXL04_004727|OH1004|CDS

ATGTGGAACTTCAGAAGAAAATTTGCGCGATCACTGTTACTGCTTTCACATCGCAATAATTTCAGTTCAAGAAGTAATCATACCGTCATTCACTCAACGCAAATTATCACTTACCATGTAAATCTGTCCAAACCCTCGACAAGTTTTTCGGTTAAACCCTCTGGCTTTCCAATATTTTTCTCTTCATCAGCTTCGAAACGTGAAGGGAATTCAGATTCCGATGAGCTCCGTGAAAACCAATTAGAAGATGACGGTGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · LXL04_004727|LXL04_004727|OH1004|PROTEIN

MWNFRRKFARSLLLLSHRNNFSSRSNHTVIHSTQIITYHVNLSKPSTSFSVKPSGFPIFFSSSASKREGNSDSDELRENQLEDDGERLILSEDFHEKTKLERETELLMEIIRRPDRSCVALRNNLEKCGVTASPELVTEVLSQVRNDWELAFTFFLWAGNQPDYSHSLRIYHSMIAILGKMRRFDTAWTLIDEMKRGGKNGGESMVTPQTLLIMIRRYSAAHDVGKAINAFYAHKQFKFEVTIDSFQDLLSALCRYKNVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004727`
TK1151 ID	TkA01G118120
OH-1004 ID	LXL04_004727
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.074 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004727

位置 Chr01:144757029-144758642 (+)

描述 Similar to At5g15010: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15010`	含五十二肽重复序列的蛋白 At5g15010，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g80880`	含五聚重复蛋白At1g80880，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g15200`	预测含五螺旋重复的蛋白质 At3g15200。	暂无已核实直接文献
`At5g65820`	假定含有五十二肽重复序列的蛋白 At5g65820。	暂无已核实直接文献
`At1g80550`	含有五三肽重复的蛋白 At1g80550，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004727 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80880

ath:AT3G15200

ath:AT5G15010

ath:AT5G65820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.701

排名 1 · LXL04_004727 · OH-1004

质体0.202

排名 2 · LXL04_004727 · OH-1004

细胞核0.072

排名 3 · LXL04_004727 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_004727 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_004727 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2277-321 aa

PF13812.13PPR_3300-356 aa

PF13041.13PPR_2311-347 aa

PF17177.11PPR_long312-429 aa

PF29070.1MSC6_N321-407 aa

PF13812.13PPR_3334-390 aa

PF12854.14PPR_1343-375 aa

PF13041.13PPR_2346-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004727	`PF13041.13`	PPR_2	277	321	6e-47	158.3
LXL04_004727	`PF13812.13`	PPR_3	300	356	7e-29	100.4
LXL04_004727	`PF13041.13`	PPR_2	311	347	6e-47	158.3
LXL04_004727	`PF17177.11`	PPR_long	312	429	1.2e-18	68.0
LXL04_004727	`PF29070.1`	MSC6_N	321	407	1e-20	74.9
LXL04_004727	`PF13812.13`	PPR_3	334	390	7e-29	100.4
LXL04_004727	`PF12854.14`	PPR_1	343	375	2e-35	120.9
LXL04_004727	`PF13041.13`	PPR_2	346	395	6e-47	158.3
LXL04_004727	`PF01535.27`	PPR	350	379	1.2e-37	126.2
LXL04_004727	`PF13812.13`	PPR_3	370	424	7e-29	100.4
LXL04_004727	`PF12854.14`	PPR_1	378	409	2e-35	120.9
LXL04_004727	`PF13041.13`	PPR_2	382	426	6e-47	158.3
LXL04_004727	`PF01535.27`	PPR	384	414	1.2e-37	126.2
LXL04_004727	`PF29070.1`	MSC6_N	424	507	1e-20	74.9
LXL04_004727	`PF17177.11`	PPR_long	429	522	1.2e-18	68.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFQ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial	54.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAH2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880, mitochondrial	35.401%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LIL5`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15200	34.328%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FH87`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820	29.440%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M8M3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550, mitochondrial	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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