LXL04_004409 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004409

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 134825561-134826658 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · LXL04_004409|LXL04_004409|OH1004|cDNA

ATGGGCACTCTCATCTGGCTGATCGGAGTTGCGATAGTACTGACCGCCGGTGTGACAGTAAACGCATGTCCGCCGTCTGATAGGGCGGCGTTGCTGGCCTTCAAAGCAGGCTTACATGAGCCATACTTGGGCATTTTCAAATCATGGACGGGAAACGATTGTTGTAGCAAATGGTACGGTGTTACTTGCGACCCGGCTACAAAACGGGTCGCCGATATAAACCTCCGGGGAGAGTCTGAAGATCCGCTGTTCCAGAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · LXL04_004409|LXL04_004409|OH1004|CDS

ATGGGCACTCTCATCTGGCTGATCGGAGTTGCGATAGTACTGACCGCCGGTGTGACAGTAAACGCATGTCCGCCGTCTGATAGGGCGGCGTTGCTGGCCTTCAAAGCAGGCTTACATGAGCCATACTTGGGCATTTTCAAATCATGGACGGGAAACGATTGTTGTAGCAAATGGTACGGTGTTACTTGCGACCCGGCTACAAAACGGGTCGCCGATATAAACCTCCGGGGAGAGTCTGAAGATCCGCTGTTCCAGAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · LXL04_004409|LXL04_004409|OH1004|PROTEIN

MGTLIWLIGVAIVLTAGVTVNACPPSDRAALLAFKAGLHEPYLGIFKSWTGNDCCSKWYGVTCDPATKRVADINLRGESEDPLFQKARRTGYMTGTISPAICKLDRLSSVIIADWKGISGTIPSCISSLSFLRILDLIGNKISGEIPFDIGKLRHLTVLNVADNKITGRIPRSLADLSSLKHLDLRNNLISGTIPRNIGKLRMLSRALLSGNRIYGPVPETISYIYRLSDLDLSLNRFSGPIPESLGKMSVLGTLNLDGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004409`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004409

位置 Chr01:134825561-134826658 (+)

描述 Similar to DRT100: DNA damage-repair/toleration protein DRT100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12610`	该蛋白能够补偿细菌 recA 突变，但其在植物中的本体功能尚不清楚。	暂无已核实直接文献
`At3g05660`	类受体蛋白33。	暂无已核实直接文献
`At3g12145`	在长日照 (LD) 条件下促进开花过渡。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0203800`	参与调节耐热性的受体激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004409 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0033612 receptor serine/threonine kinase binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12610

dosa:Os06g0203800

osa:4340427

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.435

排名 1 · LXL04_004409 · OH-1004

细胞膜0.288

排名 2 · LXL04_004409 · OH-1004

内质网0.122

排名 3 · LXL04_004409 · OH-1004

细胞质0.068

排名 4 · LXL04_004409 · OH-1004

质体0.035

排名 5 · LXL04_004409 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-64 aa

PF23598.2LRR_14121-186 aa

PF12799.14LRR_4132-167 aa

PF13855.13LRR_8154-214 aa

PF12799.14LRR_4155-191 aa

PF23598.2LRR_14173-257 aa

PF13855.13LRR_8274-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004409	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	64	2.3e-12	47.7
LXL04_004409	`PF23598.2`	LRR_14	121	186	3.4e-13	49.8
LXL04_004409	`PF12799.14`	LRR_4	132	167	1.5e-09	38.5
LXL04_004409	`PF13855.13`	LRR_8	154	214	1.1e-20	73.9
LXL04_004409	`PF12799.14`	LRR_4	155	191	1.5e-09	38.5
LXL04_004409	`PF23598.2`	LRR_14	173	257	3.4e-13	49.8
LXL04_004409	`PF13855.13`	LRR_8	274	333	1.1e-20	73.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q00874`	拟南芥	DNA damage-repair/toleration protein DRT100	59.357%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J8G2`	拟南芥	Receptor-like protein 33	34.218%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LH52`	拟南芥	Leucine-rich repeat protein FLOR 1	32.081%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q69SP5`	水稻	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ER1	35.398%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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