LXL04_003225 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003225

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 71454890-71458652 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1119 bp · LXL04_003225|LXL04_003225|OH1004|cDNA

ATGAGGTTAGGGTACGTAATCGGAACAGTAGATCCTTTTTCTATTGCCCCAATGTTCGATGGGAATGGTAGATCCTTTTTCTATTGCAGGAGAACGTTGAATAAATCTACCAATATCTCTGCATCTCTCCCGTATCTCGGCATTCTCTACCCATTTAACCTAAATATCCTAACGGTTTTAGACGAATCTGAATCCGGGAGGGTGGATTTAGGTATGTTCTTTGCGATTCTATCCCCGATATGTGGtggttcgccggaaaa...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · LXL04_003225|LXL04_003225|OH1004|CDS

ATGAGGTTAGGGTACGTAATCGGAACAGTAGATCCTTTTTCTATTGCCCCAATGTTCGATGGGAATGGTAGATCCTTTTTCTATTGCAGGAGAACGTTGAATAAATCTACCAATATCTCTGCATCTCTCCCGTATCTCGGCATTCTCTACCCATTTAACCTAAATATCCTAACGGTTTTAGACGAATCTGAATCCGGGAGGGTGGATTTAGGTATGTTCTTTGCGATTCTATCCCCGATATGTGGTGGTTCGCCGGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · LXL04_003225|LXL04_003225|OH1004|PROTEIN

MRLGYVIGTVDPFSIAPMFDGNGRSFFYCRRTLNKSTNISASLPYLGILYPFNLNILTVLDESESGRVDLGMFFAILSPICGGSPEKRKRVAFDSLLWWPVNEQQQEGKGKIIRVDALRYIKLLRLIYIPSQGTSELLEIHGETDDSMVSFTEFTDMFDDSDWGFGILPTLMKLEFSDRNRHGKQSCGVCRYPIIGSRFKEMKSGFSLCGQCYSEGKVPTSFKFDEYRFKEYVKESEAVKDKCMWFSLQKSSSGTATNIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003225`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003225

位置 Chr01:71454890-71458652 (-)

描述 Similar to At2g32450: Uncharacterized TPR repeat-containing protein At2g32450

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32450`	未分类的含TPR重复序列的蛋白At2g32450。	暂无已核实直接文献
`At1g05150`	未表征的含TPR重复序列蛋白 At1g05150。	暂无已核实直接文献
`At1g14840`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g01750`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0736100`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05150

ath:AT1G14840

ath:AT2G01750

ath:AT2G32450

dosa:Os02g0736100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.435

排名 1 · LXL04_003225 · OH-1004

细胞核0.307

排名 2 · LXL04_003225 · OH-1004

细胞膜0.145

排名 3 · LXL04_003225 · OH-1004

线粒体0.115

排名 4 · LXL04_003225 · OH-1004

内质网0.101

排名 5 · LXL04_003225 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07058.17MAP70291-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003225	`PF07058.17`	MAP70	291	339	1.7e-16	60.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S8L9`	拟南芥	Uncharacterized TPR repeat-containing protein At2g32450	56.911%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23052`	拟南芥	Uncharacterized TPR repeat-containing protein At1g05150	58.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQU7`	拟南芥	Microtubule-associated protein 70-4	62.105%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUA3`	拟南芥	Microtubule-associated protein 70-3	68.831%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z746`	水稻	Microtubule-associated protein 70-2	56.977%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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