LXL04_001359 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001359

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 24875274-24878118 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1527 bp · LXL04_001359|LXL04_001359|OH1004|cDNA

ATGACACCTACGGCCGCAAAGCTTTTGGCAACACTTtcagttaaaaaaataaattgtcaCCTATATGCCAAGATCGATACTCCGGCAGCTGATGTTGTGGTGGAAGGTGGTGGAATCATAAACTATTTGACGGAAAAGGATTTCCCGGTGCTTGTTGAGATGGGTTTGAGTGCAAGATTTGTGAGGTTAGAAGGTAAGGCTATATTGACACCAAGCTATGTGGTGGACGGGTCGGTTCAGATGATTTATGTTGCTAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · LXL04_001359|LXL04_001359|OH1004|CDS

ATGACACCTACGGCCGCAAAGCTTTTGGCAACACTTTCAGTTAAAAAAATAAATTGTCACCTATATGCCAAGATCGATACTCCGGCAGCTGATGTTGTGGTGGAAGGTGGTGGAATCATAAACTATTTGACGGAAAAGGATTTCCCGGTGCTTGTTGAGATGGGTTTGAGTGCAAGATTTGTGAGGTTAGAAGGTAAGGCTATATTGACACCAAGCTATGTGGTGGACGGGTCGGTTCAGATGATTTATGTTGCTAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · LXL04_001359|LXL04_001359|OH1004|PROTEIN

MTPTAAKLLATLSVKKINCHLYAKIDTPAADVVVEGGGIINYLTEKDFPVLVEMGLSARFVRLEGKAILTPSYVVDGSVQMIYVAKGSGGMRVVGKEGKLIFDGQVTEGDLIIIPPFYVVAVIADQSGMELFSLITSSKPVLEQLAGNMSVWKAMSPVVVQTVLNISPRLEERFRLKNSETRYFCNYKGWCTVYSRSPADHTMNTPYPTPITPSQTRIGWIGTGVMGAAMASRLLSAGYSLTIYARTPSKTLSLQSQGAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001359`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001359

位置 Chr01:24875274-24878118 (-)

描述 Similar to At1g71180: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 3, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71180`	可能的线粒体3-羟基异丁酸脱氢酶样蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At1g71170`	可能的 3-羟基异丁酸脱氢酶样蛋白 2，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g29120`	可能的线粒体类3-羟基异丁酸脱氢酶 1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001359 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006574 L-valine catabolic process 生物过程

GO:0016054 organic acid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0045121 membrane raft 细胞组分

GO:0008442 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71170

ath:AT1G71180

ath:AT4G29120

bsu:BSU13960

pcl:Pcal_0699

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.611

排名 1 · LXL04_001359 · OH-1004

过氧化物酶体0.261

排名 2 · LXL04_001359 · OH-1004

细胞核0.224

排名 3 · LXL04_001359 · OH-1004

线粒体0.086

排名 4 · LXL04_001359 · OH-1004

质体0.054

排名 5 · LXL04_001359 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00190.29Cupin_126-168 aa

PF02826.262-Hacid_dh_C212-307 aa

PF03446.22NAD_binding_2217-373 aa

PF03807.24F420_oxidored217-309 aa

PF14833.12NAD_binding_11379-501 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001359	`PF00190.29`	Cupin_1	26	168	1.3e-17	64.5
LXL04_001359	`PF02826.26`	2-Hacid_dh_C	212	307	1.9e-06	28.1
LXL04_001359	`PF03446.22`	NAD_binding_2	217	373	3.2e-45	154.8
LXL04_001359	`PF03807.24`	F420_oxidored	217	309	9.9e-09	36.4
LXL04_001359	`PF14833.12`	NAD_binding_11	379	501	3.4e-24	86.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949M8`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 3, mitochondrial	58.689%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C991`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 2, mitochondrial	57.377%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZE1`	拟南芥	Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 1, mitochondrial	51.447%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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