LXL04_001291 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001291

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23528558-23532835 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3606 bp · LXL04_001291|LXL04_001291|OH1004|cDNA

ATggcttcttcttcatcttcttccatGGCAACTGCTCAACGATGTTTTAGTCATGATGTCTTTTTAAGTTTTCGAGGGGAAACTCGTCACCAATTTACGGATCATCTCCATCAAGCATTGAAGCGAGAACGAATACGCATTTTCCGGGATGATGGAATTGAGAGAGGAAAAATACTGAAGGACGAGCTAGAGAAAGCCATCCATGAATCTGAGATCTCACTCGTTGTCTTCTCAGACGACTATGCATCCTCCAAATGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3606 bp · LXL04_001291|LXL04_001291|OH1004|CDS

ATGGCTTCTTCTTCATCTTCTTCCATGGCAACTGCTCAACGATGTTTTAGTCATGATGTCTTTTTAAGTTTTCGAGGGGAAACTCGTCACCAATTTACGGATCATCTCCATCAAGCATTGAAGCGAGAACGAATACGCATTTTCCGGGATGATGGAATTGAGAGAGGAAAAATACTGAAGGACGAGCTAGAGAAAGCCATCCATGAATCTGAGATCTCACTCGTTGTCTTCTCAGACGACTATGCATCCTCCAAATGGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1201 aa · LXL04_001291|LXL04_001291|OH1004|PROTEIN

MASSSSSSMATAQRCFSHDVFLSFRGETRHQFTDHLHQALKRERIRIFRDDGIERGKILKDELEKAIHESEISLVVFSDDYASSKWCLHEVMMIIKEHETSSHKHDLVPVFYKVDTSDVKHQTGSFKKAFDDYEDEIKAETDLKKKTELALKVRAWRDSLNKATNFTGYVYEIGYESEFIKKVVDTVISKIDYKLLYVSDKLVGIDEDVAEIQPWLQDTSPDAVVLLIDGMGGIGKSTIAKCIFNLHFRNYDASCFLADI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001291`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001291

位置 Chr01:23528558-23532835 (-)

描述 Similar to RUN1: Disease resistance protein RUN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56510`	TIR-NB-LRR受体样蛋白，赋予对植物病原Albugo candida（白锈病）多个病株的广谱抗性和完全免疫。	WRR4 encodes a TIR-NB-LRR protein that confers broad-spectrum white rust resistance in Arabidopsis thaliana to four physiological races of Albugo candida.2008 · DOI: 10.1094/mpmi-21-6-0757 Activation tagging of ADR2 conveys a spreading lesion phenotype and resistance to biotrophic pathogens.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02902.x Arabidopsis thaliana natural variation reveals connections between UV radiation stress and plant pathogen-like defense responses.2015 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2015.01.011

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.447

排名 1 · LXL04_001291 · OH-1004

细胞核0.320

排名 2 · LXL04_001291 · OH-1004

细胞膜0.273

排名 3 · LXL04_001291 · OH-1004

内质网0.096

排名 4 · LXL04_001291 · OH-1004

溶酶体／液泡0.040

排名 5 · LXL04_001291 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR18-191 aa

PF13676.12TIR_220-116 aa

PF00931.29NB-ARC207-376 aa

PF23282.2WHD_ROQ1448-516 aa

PF23598.2LRR_14765-830 aa

PF13855.13LRR_8782-818 aa

PF12799.14LRR_4787-828 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001291	`PF01582.26`	TIR	18	191	7.2e-35	121.1
LXL04_001291	`PF13676.12`	TIR_2	20	116	1.2e-15	58.7
LXL04_001291	`PF00931.29`	NB-ARC	207	376	1e-21	78.0
LXL04_001291	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	448	516	1.5e-20	73.8
LXL04_001291	`PF23598.2`	LRR_14	765	830	8.8e-06	25.4
LXL04_001291	`PF13855.13`	LRR_8	782	818	3.7e-08	33.7
LXL04_001291	`PF12799.14`	LRR_4	787	828	1.3e-07	32.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7X0`	拟南芥	Disease resistance protein ADR2	31.057%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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