LXL04_000990 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000990

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 17918697-17920652 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1182 bp · LXL04_000990|LXL04_000990|OH1004|cDNA

ATGTTAGCCCAGAAGTCCTCCACCTTCCCCTTATCTCTCAGAATTCGAACTATCAACAGCGCAAAAATGTCGATTATACATCAAAATTTCTTCACGAACAACCTTCAATGGGTTCCCAGTACACATCCACCCAATACTCTCAATCATACTCGCCCTATTACTCGAATCTTCACATCTTCTACACGATCCTCATCATTAGACAAGAGGTTTAACAGCAGATTATCGCTCAGTACAAACGGTGGCTATGTGAAGTCATCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · LXL04_000990|LXL04_000990|OH1004|CDS

ATGTTAGCCCAGAAGTCCTCCACCTTCCCCTTATCTCTCAGAATTCGAACTATCAACAGCGCAAAAATGTCGATTATACATCAAAATTTCTTCACGAACAACCTTCAATGGGTTCCCAGTACACATCCACCCAATACTCTCAATCATACTCGCCCTATTACTCGAATCTTCACATCTTCTACACGATCCTCATCATTAGACAAGAGGTTTAACAGCAGATTATCGCTCAGTACAAACGGTGGCTATGTGAAGTCATCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · LXL04_000990|LXL04_000990|OH1004|PROTEIN

MLAQKSSTFPLSLRIRTINSAKMSIIHQNFFTNNLQWVPSTHPPNTLNHTRPITRIFTSSTRSSSLDKRFNSRLSLSTNGGYVKSSFDYNNHNGGNANNGHYEYEKGLLGNSSHQYPRPTEVPWTKELCNSVQLIGNVGTPVEFKQLSSGKVLAWCRLAVKKSSTDTTWISLTFWDDLAHIASKYVEKGQQIYVSGRIVSDTVDSDDGKQQTYYKVVVQQLNFVEKSPLSNDQDFNYNSNSNSNSNSNSSSMTTGNYFLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000990`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000990

位置 Chr01:17918697-17920652 (-)

描述 Similar to OSB4: Protein OSB4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31010`	结合单链 DNA。	暂无已核实直接文献
`At1g47720`	调节线粒体 DNA 重组。	The plant-specific ssDNA binding protein OSB1 is involved in the stoichiometric transmission of mitochondrial DNA in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.042028
`At4g20010`	优先结合单链 DNA。	暂无已核实直接文献
`At5g44785`	结合单链 DNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000001 mitochondrion inheritance 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0045910 negative regulation of DNA recombination 生物过程

GO:0090297 positive regulation of mitochondrial DNA replication 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0042645 mitochondrial nucleoid 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0008047 enzyme activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31010

ath:AT1G47720

ath:AT4G20010

ath:AT5G44785

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.704

排名 1 · LXL04_000990 · OH-1004

质体0.233

排名 2 · LXL04_000990 · OH-1004

细胞核0.068

排名 3 · LXL04_000990 · OH-1004

细胞质0.050

排名 4 · LXL04_000990 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_000990 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30940.1OSB_SSB127-224 aa

PF00436.32SSB130-223 aa

PF30937.1OSB_PDF316-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000990	`PF30940.1`	OSB_SSB	127	224	1.6e-24	86.7
LXL04_000990	`PF00436.32`	SSB	130	223	2.8e-19	69.8
LXL04_000990	`PF30937.1`	OSB_PDF	316	368	8.4e-21	73.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FYJ2`	拟南芥	Protein OSB4, chloroplastic	28.378%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SX99`	拟南芥	Protein OSB1, mitochondrial	27.737%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GXH3`	拟南芥	Protein OSB2, chloroplastic	36.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GWJ4`	拟南芥	Protein OSB3, chloroplastic/mitochondrial	26.877%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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