基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_000896
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 16402244-16406039
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2340 bp · LXL04_000896|LXL04_000896|OH1004|cDNA
ATGGGGGATAGTGAAACAGTTGTTGCTCAAACATCAGCTGTCCAGGAGCACCCACCTGTTCCAAGTACAGTTAATGGAGATATGGCTGCTTCTACCATGGATGTAGACAATGCCAGTTTCAGTCATGAAGCTCCATCTTCTGCTACACAAGATGGTAGTGAGAATCCTGCAAATATATCTGTAGATTCATCTCAAGTTTCTGCTTACCATTCTTCCGTGAATGGAAATGATGCCAGTGATGCAAAAGCTTTGGGTATAAC...
CDS
下载 CDS FASTA2340 bp · LXL04_000896|LXL04_000896|OH1004|CDS
ATGGGGGATAGTGAAACAGTTGTTGCTCAAACATCAGCTGTCCAGGAGCACCCACCTGTTCCAAGTACAGTTAATGGAGATATGGCTGCTTCTACCATGGATGTAGACAATGCCAGTTTCAGTCATGAAGCTCCATCTTCTGCTACACAAGATGGTAGTGAGAATCCTGCAAATATATCTGTAGATTCATCTCAAGTTTCTGCTTACCATTCTTCCGTGAATGGAAATGATGCCAGTGATGCAAAAGCTTTGGGTATAAC...
779 aa · LXL04_000896|LXL04_000896|OH1004|PROTEIN
MGDSETVVAQTSAVQEHPPVPSTVNGDMAASTMDVDNASFSHEAPSSATQDGSENPANISVDSSQVSAYHSSVNGNDASDAKALGITENGVGSYDDHNPASANQPHDGSVVAALSPEEERLWSIVNTNSLDFTAWTSLIEETEKTSENNILKIRKVYDTFLAEFPLCYGYWKKYADHEARLGFLDKVVEVYERAVHGVTYSVDMWLHYCVFAINTYGDPDTVRRLFERGLAYVGTDYLSFPLWDKYIEYEFQQQNWSNLA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_000896 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA01G578250 |
| OH-1004 ID | LXL04_000896 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 96.700 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_000896 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:16402244-16406039 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to prpf39: Pre-mRNA-processing factor 39 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程 GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程 GO:0000243 commitment complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分 GO:0071004 U2-type prespliceosome 细胞组分 GO:0030627 pre-mRNA 5'-splice site binding 分子功能 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G04080 ath:AT5G46400 dre:368864 hsa:55015 xla:734636 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.808
细胞质0.242
内质网0.029
细胞膜0.029
高尔基体0.027
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF23240.2HAT_PRP39_N119-282 aaPF05843.21Suf122-281 aaPF23233.2HAT_Syf1_CNRKL1_N127-268 aaPF23231.2HAT_Syf1_CNRKL1_C142-232 aaPF23241.2HAT_PRP39_C171-232 aaPF05843.21Suf346-570 aaPF23241.2HAT_PRP39_C358-497 aaPF29376.1PRP6_TPR384-572 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_000896 | PF23240.2 | HAT_PRP39_N | 119 | 282 | 2.6e-66 | 223.6 |
| LXL04_000896 | PF05843.21 | Suf | 122 | 281 | 1.5e-23 | 83.9 |
| LXL04_000896 | PF23233.2 | HAT_Syf1_CNRKL1_N | 127 | 268 | 1e-15 | 58.6 |
| LXL04_000896 | PF23231.2 | HAT_Syf1_CNRKL1_C | 142 | 232 | 2.7e-09 | 37.0 |
| LXL04_000896 | PF23241.2 | HAT_PRP39_C | 171 | 232 | 1.4e-55 | 187.9 |
| LXL04_000896 | PF05843.21 | Suf | 346 | 570 | 1.5e-23 | 83.9 |
| LXL04_000896 | PF23241.2 | HAT_PRP39_C | 358 | 497 | 1.4e-55 | 187.9 |
| LXL04_000896 | PF29376.1 | PRP6_TPR | 384 | 572 | 1.4e-09 | 37.9 |
| LXL04_000896 | PF23233.2 | HAT_Syf1_CNRKL1_N | 389 | 442 | 1e-15 | 58.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。