LXL04_000894 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000894

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 16393605-16396750 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3054 bp · LXL04_000894|LXL04_000894|OH1004|cDNA

ATGTCGAAACCCCATTTTcggttcttcttctttttgttgTTTTGCTTTTCGTCGGTGTTTTCAAAGGTGGTGGAGGAGAACGATCAAGCTTCGATTCTGTTAAAAATCAAATCCCACCTCATTGATCCTCTCGATCAGCTAAAAGATTGGAAGATCTCTGAAAACCACGCCGCGCATTGTAATTGGACCGGAATTGAGTGTAATTCCGTCGGAAGAATCCAGAAGCTTGACCTTTCACGTCGGAATCTGAGTGGGGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3054 bp · LXL04_000894|LXL04_000894|OH1004|CDS

ATGTCGAAACCCCATTTTCGGTTCTTCTTCTTTTTGTTGTTTTGCTTTTCGTCGGTGTTTTCAAAGGTGGTGGAGGAGAACGATCAAGCTTCGATTCTGTTAAAAATCAAATCCCACCTCATTGATCCTCTCGATCAGCTAAAAGATTGGAAGATCTCTGAAAACCACGCCGCGCATTGTAATTGGACCGGAATTGAGTGTAATTCCGTCGGAAGAATCCAGAAGCTTGACCTTTCACGTCGGAATCTGAGTGGGGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1017 aa · LXL04_000894|LXL04_000894|OH1004|PROTEIN

MSKPHFRFFFFLLFCFSSVFSKVVEENDQASILLKIKSHLIDPLDQLKDWKISENHAAHCNWTGIECNSVGRIQKLDLSRRNLSGVVSDDIQLLRSLTSINLCCNGFSSALPKLLSNLTLLESVDLSQNYFIDSFPKGLGMAIGLTLLNASSNNFSGDIPDFGNNTRMETLDLRGNFFIGSIPESFMNLKKLKFLGLSGNNLTGSIPKGIGELSSLESIVIGYNEFTGGIPAEFGNLTNLKYLDLAYGNLGGSIPPQLGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000894`
TK1151 ID	TkA01G578270
OH-1004 ID	LXL04_000894
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.638 / OH-1004 41.888 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000894

位置 Chr01:16393605-16396750 (+)

描述 Similar to MIK1: MDIS1-interacting receptor like kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28650`	参与调控维管组织发育过程中原形成层的维持和极性。	A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975
`At1g08590`	参与调控维管组织发育过程中原形成层的维持和极性。	暂无已核实直接文献
`At5g61480`	与CLE41p、CLE44p肽构成配体-受体对，参与维管组织发育中的信号转导，调控原形成层的维持及极性。	暂无已核实直接文献
`At3g49670`	富含LRR的类受体激酶（LRR-RLK），涉及CLAVATA家族肽（CLEs）的检测，以及通过CIK蛋白的磷酸化调节触发信号以促进原韧皮部分化和分生组织维持，可能还包括PBL34、PBL35和PBL36。	暂无已核实直接文献
`At5g65700`	富含亮氨酸重复序列的受体样激酶，与CLV1和BAM3共同感知CLAVATA类肽CLE25、CLE26和CLE45，经CIK及PBL34、PBL35和PBL36的磷酸化传递信号，调控原生韧皮部分化和分生组织维持。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08590

ath:AT3G49670

ath:AT4G28650

ath:AT5G61480

ath:AT5G65700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.879

排名 1 · LXL04_000894 · OH-1004

内质网0.082

排名 2 · LXL04_000894 · OH-1004

细胞质0.058

排名 3 · LXL04_000894 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_000894 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_000894 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_227-68 aa

PF13855.13LRR_8145-202 aa

PF12799.14LRR_4145-183 aa

PF23598.2LRR_14168-267 aa

PF23598.2LRR_14233-318 aa

PF23598.2LRR_14257-361 aa

PF13855.13LRR_8407-466 aa

PF13855.13LRR_8478-538 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000894	`PF08263.18`	LRRNT_2	27	68	4.8e-10	40.3
LXL04_000894	`PF13855.13`	LRR_8	145	202	2.4e-41	140.0
LXL04_000894	`PF12799.14`	LRR_4	145	183	1.9e-36	124.0
LXL04_000894	`PF23598.2`	LRR_14	168	267	1.5e-28	100.3
LXL04_000894	`PF23598.2`	LRR_14	233	318	1.5e-28	100.3
LXL04_000894	`PF23598.2`	LRR_14	257	361	1.5e-28	100.3
LXL04_000894	`PF13855.13`	LRR_8	407	466	2.4e-41	140.0
LXL04_000894	`PF13855.13`	LRR_8	478	538	2.4e-41	140.0
LXL04_000894	`PF12799.14`	LRR_4	502	539	1.9e-36	124.0
LXL04_000894	`PF13855.13`	LRR_8	527	586	2.4e-41	140.0
LXL04_000894	`PF12799.14`	LRR_4	552	586	1.9e-36	124.0
LXL04_000894	`PF00069.32`	Pkinase	705	975	2.6e-49	168.7
LXL04_000894	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	705	933	1.4e-43	149.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0G7`	拟南芥	MDIS1-interacting receptor like kinase 1	66.010%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FRS6`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXL1	58.221%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FII5`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR	45.361%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2Z1`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM2	42.963%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49545`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1	42.248%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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