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序列比对 BLAST

选择 OH-1004 或 TK1151 两套参考版本,并在 gDNA、CDS、蛋白库中运行 BLAST。15 bp 引物级短序列会自动启用 blastn-short 参数;输入原始基因 ID、TK1151 ID 或 OH-1004 ID 时,会按所选参考版本解析到对应代表序列。

引物模式适用于 15-30 bp 核酸短序列,会使用 blastn-short、word size 7,并关闭 dust/soft masking。gDNA 库用于基因组定位,CDS 库用于转录本编码序列,蛋白库用于氨基酸序列;单次最多 20 条查询、返回 100 条结果。

数据库状态

数据库程序用途索引
OH-1004 全基因组blastn适合引物、启动子、基因组片段定位;结果链接到 OH-1004 基因或 JBrowse 区间。已构建
OH-1004 CDSblastn适合把核酸序列或基因 ID 解析到 OH-1004 代表 CDS 后比对。已构建
OH-1004 蛋白blastp适合氨基酸序列或基因 ID 转为 OH-1004 代表蛋白后搜索。已构建
TK1151 全基因组blastn适合引物、启动子、基因组片段定位到 TK1151 参考基因组。已构建
TK1151 CDSblastn适合把核酸序列或基因 ID 解析到 TK1151 代表 CDS 后比对。已构建
TK1151 蛋白blastp适合氨基酸序列或基因 ID 转为 TK1151 代表蛋白后搜索。已构建