RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G006440
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1794852-1798195 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2128 bp · TkA07G006440|TK1151|cDNA

GTGGGTCCCATCGCCATGGAAGTGGACCCACATAGATGCAAGTCCATACGAGCAAGCCAAGAAGAAAAATGAGAAGAATAGTCGCAATTTTCCTCTATTGTCATCTACACTTCTATTCATCAATGGCCCTCACACTCTTTAACTTTGAGTCCACCCAAAGAGACGTGGATTCCATTGTTGGGCACTATTTCCCCTCCACACTCTGTAAATTTCATTCGTAATTGAATGAATTGAATGAATCTTGATCTGGGTTTTGGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · TkA07G006440|TK1151|CDS

ATGTATGGTACAACAATGAATTTGGTTACAACTGTTATAGGATTTGCAATGAGTGCCACTTTCATTGTATTCGTTTGTGCTAGACTCGTTTGTGGGCGTTTTCGTCGATATGAATCACGCGAATTGTTCGAGATTGAATCAAGGATTGACCTTGAAAGGCACGAACACCGGGTGGTAGGCCTCGAACCAGCCATGGTTGCAGCCATTCCTACAATGAAGTTTGACCGTGAAGCCTTCGGTTCCATGGATGATGCCCAGTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

180 aa · TkA07G006440|TK1151|PROTEIN

MYGTTMNLVTTVIGFAMSATFIVFVCARLVCGRFRRYESRELFEIESRIDLERHEHRVVGLEPAMVAAIPTMKFDREAFGSMDDAQCTICLGEYQEKEVLRIMPKCGHSFHLSCIDMWLRKQSTCPVCRVSVITNSPEISREISLERSRQWLLPLHGQGSSQSQMDSAMGDVEATTEVRR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G006440
TK1151 IDTkA07G006440
OH-1004 IDLXL04_026762
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G006440
位置Chr07:1794852-1798195 (+)
描述Similar to ATL52: RING-H2 finger protein ATL52
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46160 RING-H2指蛋白ATL67。 暂无已核实直接文献
At4g10160 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外通过与泛素结合酶 E2 UBC8、UBC10、UBC11 和 UBC34 的作用催化多泛素化。 暂无已核实直接文献
At3g11110 RING-H2 指蛋白 ATL66。 暂无已核实直接文献
At4g17905 推定的RING-H2指蛋白ATL53。 暂无已核实直接文献
At2g47560 RING-H2 指蛋白 ATL64。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026762 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03550
ath:AT4G10150
ath:AT4G10160
ath:AT4G17905
ath:AT5G17600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.312
排名 1 · TkA07G006440 · TK1151
细胞膜0.278
排名 2 · TkA07G006440 · TK1151
溶酶体／液泡0.245
排名 3 · TkA07G006440 · TK1151
内质网0.224
排名 4 · TkA07G006440 · TK1151
高尔基体0.200
排名 5 · TkA07G006440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14447Prok-RING_419-31 aa
PF23412zf_RING_Vps820-26 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal20-26 aa
PF22908PHD_NSD23-34 aa
PF14447Prok-RING_479-91 aa
PF13920zf-C3HC4_384-132 aa
PF17120zf-RING_1685-127 aa
PF22908PHD_NSD85-123 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G006440PF14447Prok-RING_419310.04814.3
TkA07G006440PF23412zf_RING_Vps820260.0116.4
TkA07G006440PF23413zf_RING_Vps8_fungal20260.1312.3
TkA07G006440PF22908PHD_NSD23340.02915.4
TkA07G006440PF14447Prok-RING_479910.04814.3
TkA07G006440PF13920zf-C3HC4_3841320.000122.7
TkA07G006440PF17120zf-RING_16851270.001718.6
TkA07G006440PF22908PHD_NSD851230.02915.4
TkA07G006440PF14446Prok-RING_1851150.03115.1
TkA07G006440PF05290Baculo_IE-1851360.03414.8
TkA07G006440PF23413zf_RING_Vps8_fungal85900.1312.3
TkA07G006440PF13639zf-RING_2861292.5e-1557.2
TkA07G006440PF12678zf-rbx1861292.3e-1144.5
TkA07G006440PF17123zf-RING_11861154.3e-1039.8
TkA07G006440PF13923zf-C3HC4_2861281.9e-0937.9
TkA07G006440PF14634zf-RING_5861295.4e-0627.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82353拟南芥sp|O82353|ATL67_ARATH RING-H2 finger protein ATL6745.700%Swiss-Prot低置信
Q9SN27拟南芥sp|Q9SN27|ATL59_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL5945.300%Swiss-Prot低置信
Q9SRM0拟南芥sp|Q9SRM0|ATL66_ARATH RING-H2 finger protein ATL6639.000%Swiss-Prot低置信
P0C041拟南芥sp|P0C041|ATL53_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL5340.900%Swiss-Prot低置信
O22255拟南芥sp|O22255|ATL64_ARATH RING-H2 finger protein ATL6437.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看