TkA06G480070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G480070

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 118961361-118962396 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

692 bp · TkA06G480070|TK1151|cDNA

AGATGGGCAAGTTCTATGAGCTCTTTGAAATGGATGCACATGTTGGAGCAAAAGAACTTGATTTGCAATATATGAAGGGAGACCAACCTCATTGTGGATTCCCAGAAAAGAACTTTGCAACAAATGTAGAGAAGTTGGCTTGCAAGGGTTACCGTGTTCTGGTAGTTGAGCAGACAGAGACACCTGATCAGCTTGATAGGCGTCGCAAAGAGTAGGGTTCTAAAGATAAGGTTGTGAAACGTGAAATATGTGGGGTAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · TkA06G480070|TK1151|CDS

ATGGTGGCAGCCAATCCGGATGCTTCTTACCTTTTTGCAGTTTCTGAAGCATCAGGAAACCAAGATGAACATGGTGATAGAATCTATGGTGTTTGTGTGCTTGATGTTGCTACAAGCAAGATCATGATAGGACAGTTTGAAGATGATTCAAAGTGCAGTGGATTGAGCTGTCTATTGTCCCAACTAAGACCAGTAGAAATCATAAAACCTATGAAATCACTGACCCCTGAAACCGAAAAAGTACTTGTGAGACAAACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

135 aa · TkA06G480070|TK1151|PROTEIN

MVAANPDASYLFAVSEASGNQDEHGDRIYGVCVLDVATSKIMIGQFEDDSKCSGLSCLLSQLRPVEIIKPMKSLTPETEKVLVRQTKSPVINELIPLEEFWDAEKTTCEIKNIYKRISSQSSLNESMSINDCLPQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G480070`
TK1151 ID	TkA06G480070
OH-1004 ID	LXL04_022526
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 11.709 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G480070

位置 Chr06:118961361-118962396 (-)

描述 Similar to MCM7: DNA replication licensing factor MCM7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02070`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991 Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2MSH6 (MutSalpha) and MSH2MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780 Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0090329 regulation of DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0042555 MCM complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02060

dosa:Os12g0560700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA06G480070 · TK1151

细胞质0.218

排名 2 · TkA06G480070 · TK1151

线粒体0.031

排名 3 · TkA06G480070 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA06G480070 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA06G480070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05188MutS_II10-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G480070	`PF05188`	MutS_II	10	97	3.9e-09	37.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04716`	拟南芥	sp\|O04716\|MSH6_ARATH DNA mismatch repair protein MSH6	55.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情