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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G448580
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112122728-112124514 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1326 bp · TkA05G448580|TK1151|cDNA

ATGGCCCCATCTGGACACCCCAGGAAACCCCTTCATACATGCCGACATACCCTATTCGTCTACCCGCTCTACACCAAATTCTGCAAAAATGCGCGAGAGAACGTTTACCCATGGAAGAACGGAAACGAAAAAGAGGCTCTTAATCTCTTTCTTCAAATGCAAAGAGAAGGCACACAATGCAGTGAATTCACACTTTCAGGCGTTTTATGTGCATGTGCAGCCGAATTTGCAGTTCTTGAATGCAAACAGCTCCATGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · TkA05G448580|TK1151|CDS

ATGGCCCCATCTGGACACCCCAGGAAACCCCTTCATACATGCCGACATACCCTATTCGTCTACCCGCTCTACACCAAATTCTGCAAAAATGCGCGAGAGAACGTTTACCCATGGAAGAACGGAAACGAAAAAGAGGCTCTTAATCTCTTTCTTCAAATGCAAAGAGAAGGCACACAATGCAGTGAATTCACACTTTCAGGCGTTTTATGTGCATGTGCAGCCGAATTTGCAGTTCTTGAATGCAAACAGCTCCATGCTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

441 aa · TkA05G448580|TK1151|PROTEIN

MAPSGHPRKPLHTCRHTLFVYPLYTKFCKNARENVYPWKNGNEKEALNLFLQMQREGTQCSEFTLSGVLCACAAEFAVLECKQLHAFVLKSSMLSNTFVSTALLDVYAKCNQIKDAISVFEYMPEKSPVTWSSMVAGYLKNELYEEALSMFKKVQITGVEFNQFLISSVLAACAAIAAKIEGMGLVKEGKKYFNMMLQEHNLSPNVVHYSCMVDVYCRTGLINEAKLLIDEMPFEATASIWGSILSSCRVYGNINLAEIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G448580
TK1151 IDTkA05G448580
OH-1004 IDLXL04_022162
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)80.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.383 / OH-1004 78.889
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G448580
位置Chr05:112122728-112124514 (+)
描述Similar to PCMP-H16: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g04780 含五肽重复的蛋白 At5g04780，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g20230 含五重复肽的蛋白质 At1g20230。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At2g22070 含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。 暂无已核实直接文献
At5g52630 假定含五聚肽重复序列蛋白 At5g52630。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022162 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G24000
ath:AT5G04780
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.625
排名 1 · TkA05G448580 · TK1151
质体0.210
排名 2 · TkA05G448580 · TK1151
细胞核0.068
排名 3 · TkA05G448580 · TK1151
细胞质0.054
排名 4 · TkA05G448580 · TK1151
过氧化物酶体0.011
排名 5 · TkA05G448580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long26-122 aa
PF13041PPR_239-73 aa
PF01535PPR39-57 aa
PF12854PPR_139-53 aa
PF23276TPR_2439-68 aa
PF13812PPR_339-58 aa
PF14559TPR_1939-60 aa
PF13176TPR_741-52 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G448580PF17177PPR_long261221.2e-0525.5
TkA05G448580PF13041PPR_239733.6e-2175.7
TkA05G448580PF01535PPR39577.1e-2173.7
TkA05G448580PF12854PPR_139534.9e-1658.9
TkA05G448580PF23276TPR_2439682e-0525.2
TkA05G448580PF13812PPR_339580.0004321.0
TkA05G448580PF14559TPR_1939600.0008820.3
TkA05G448580PF13176TPR_741520.07813.8
TkA05G448580PF13041PPR_2961263.6e-2175.7
TkA05G448580PF01535PPR1011267.1e-2173.7
TkA05G448580PF12854PPR_11011234.9e-1658.9
TkA05G448580PF23276TPR_241011262e-0525.2
TkA05G448580PF13812PPR_31011260.0004321.0
TkA05G448580PF29070MSC6_N1011240.001518.4
TkA05G448580PF14559TPR_191031260.0008820.3
TkA05G448580PF13176TPR_71051210.07813.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZ19拟南芥sp|Q9LZ19|PP364_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial46.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LNU6拟南芥sp|Q9LNU6|PPR53_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2023042.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275043.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SHZ8拟南芥sp|Q9SHZ8|PP168_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2207042.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LTF4拟南芥sp|Q9LTF4|PP429_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5263038.800%Swiss-Prot中等置信

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