TkA05G445200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G445200

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111351132-111362202 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1758 bp · TkA05G445200|TK1151|cDNA

AGCTGATCCACCTTCGCAGTTACGATGACATCCACTGGAAACTGCAATTACTCATGCGCTACTGCTACTGAAACCCTAGAATGGATTCACGCCATTATAGACCATATGAACCCGTATAGCTTTTTCTGGGAATCTCATGTCGTCAATTTCCTGACGCATAGACTGTGGGAAGCTGTTGATAAAGAATGGCTTGATTGCTTGCGGGATGAACCAGTCGAGCATCTTATTCAAATTCCTTCTGGCTTTTGTCAGGACCACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4545 bp · TkA05G445200|TK1151|CDS

ATGGGCCAGAACTCGCCCAGTACAAACGACGGTGACAACTCAAATGCCAACTCCGACGGCACCGGATTATACCCGATCCGGGTCGCTTCCCATTCAAGAGAAACCCTAAACCTGCGTCTATACCTTTATCGAAATCATCTGCTGCAGTCAGCTTATCGGATCGGCGCCGATCTCACGTCCATGGAGGCCGATCCGTTGTTCCTCGGAAGCTGTGCTCAGTCAGGGGGACGTCGTTGTTTTACCTGTGGTGGTGGTGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1514 aa · TkA05G445200|TK1151|PROTEIN

MGQNSPSTNDGDNSNANSDGTGLYPIRVASHSRETLNLRLYLYRNHLLQSAYRIGADLTSMEADPLFLGSCAQSGGRRCFTCGGGERIGRTVREGLKFGSSLKFISSRIDRSFELERARDKPRVGVRSPRLAIILGNMEDDPLSLMLLTVMKNLQGLGYVLQIYATEDGKTKSLWEKTVGQVSVLSPENYGHIDWSIFDGIVVNSLEAHDAILSLMQEPFCSVQLIWIIQEDTLSNRLPLYQQTGQQHLITYWKKVFRRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G445200`
TK1151 ID	TkA05G445200
OH-1004 ID	LXL04_022103
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G445200`
位置	Chr05:111351132-111362202 (-)
描述	Similar to Rrnad1: Protein RRNAD1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022103` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0000179 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity 分子功能 GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:532204 hsa:51093 mmu:216292 mmu:229503 rno:361976 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.241

排名 1 · TkA05G445200 · TK1151

细胞核0.198

排名 2 · TkA05G445200 · TK1151

内质网0.169

排名 3 · TkA05G445200 · TK1151

高尔基体0.139

排名 4 · TkA05G445200 · TK1151

细胞膜0.128

排名 5 · TkA05G445200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00534Glycos_transf_1363-478 aa

PF13692Glyco_trans_1_4363-472 aa

PF13489Methyltransf_231005-1052 aa

PF13679Methyltransf_321152-1305 aa

PF13692Glyco_trans_1_41153-1180 aa

PF13489Methyltransf_231157-1216 aa

PF05175MTS1167-1206 aa

PF05206TRM131172-1300 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G445200	`PF00534`	Glycos_transf_1	363	478	4.9e-14	52.9
TkA05G445200	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	363	472	4.5e-09	37.4
TkA05G445200	`PF13489`	Methyltransf_23	1005	1052	0.0011	19.4
TkA05G445200	`PF13679`	Methyltransf_32	1152	1305	1.2e-30	107.1
TkA05G445200	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	1153	1180	4.5e-09	37.4
TkA05G445200	`PF13489`	Methyltransf_23	1157	1216	0.0011	19.4
TkA05G445200	`PF05175`	MTS	1167	1206	0.31	11.3
TkA05G445200	`PF05206`	TRM13	1172	1300	0.0014	18.9
TkA05G445200	`PF13649`	Methyltransf_25	1176	1217	0.012	17.0
TkA05G445200	`PF13649`	Methyltransf_25	1247	1313	0.012	17.0
TkA05G445200	`PF05206`	TRM13	1463	1508	0.0014	18.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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