TkA05G433210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G433210

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 108105486-108114014 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3414 bp · TkA05G433210|TK1151|cDNA

CTAAACACAATTTTTTGCCGAAGGAAAAGTGGAAAACTGTAAACCCTCGTTCTGCGCAGCCCCTTAAACCCACTGAAAGCCTTCACGGAATCTAGGGCACGTTCAATCCCCCAAGACAGAGTTCATCTCTCTGCCAACCAAATTTAGTCTGTGTTCAGCTATTGACGATAGCTGCTTGAAGATTGTATTGATTTTGGATCGAAGATGAAGAATCTGAAGCTCTCATGGGAGCTGTCATCCAACCTCCAGTTACAATCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4131 bp · TkA05G433210|TK1151|CDS

ATGAAGAATCTGAAGCTCTCATGGGAGCTGTCATCCAACCTCCAGTTACAATCAGAAAATGAAGTGATACGTTGCACCGCTTTCGATATCGAACAGAATCGTTTCTTCTTTGCGTCTTCTGCTAACTTCATTTACACCATTCATCTTTCATCTTCTCAAAATGAAGAATCATGGGGTAAATCACCTTCAGTTCCACTGGTTGAAACCATCGATCTAGATCCTGATGACTCTATTACCTCCTTGGAGTATCTCATGGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1376 aa · TkA05G433210|TK1151|PROTEIN

MKNLKLSWELSSNLQLQSENEVIRCTAFDIEQNRFFFASSANFIYTIHLSSSQNEESWGKSPSVPLVETIDLDPDDSITSLEYLMEKEALIIGTSSGVLLLYNVDDNVTEVVGRVEGGVKSLSPSPDGDLLCIITGLGQMLVMTHDWDLLYEISLEDSDTCDQDIDSECSASWRGDGKFFATITTVQDSSHKKLKIWERDTGNLHSVSEPKSFMGETVEWMPSGAKIATVCDHKEEKKPPSVVFFERNGLQRSSFTVNNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G433210`
TK1151 ID	TkA05G433210
OH-1004 ID	LXL04_021955
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.532 / OH-1004 99.613 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G433210

位置 Chr05:108105486-108114014 (+)

描述 Similar to ELP1: Elongator complex protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13680`	延伸子复合物的组分，是mcm5U（5-甲氧羰基甲基尿苷）、mcm5s2U（5-甲氧羰基甲基-2-硫代尿苷）及ncm5U（5-氨甲酰甲基尿苷）等多种tRNA修饰所必需的（基于相似性推测）。	The elongata mutants identify a functional Elongator complex in plants with a role in cell proliferation during organ growth.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0502600102 Mutations in ABO1/ELO2, a subunit of holo-Elongator, increase abscisic acid sensitivity and drought tolerance in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1128/mcb.00433-06 Elongator mediates ABA responses, oxidative stress resistance and anthocyanin biosynthesis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03931.x Plant Elongator regulates auxin-related genes during RNA polymerase II transcription elongation.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913559107
`At5g59440`	催化 dTMP 转化为 dTDP（可能）。	The first zygotic division in Arabidopsis requires de novo transcription of thymidylate kinase.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03372.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0002926 tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation 生物过程

GO:0006400 tRNA modification 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007252 I-kappaB phosphorylation 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13680

hsa:8518

mmu:230233

ocu:100009360

rno:140934

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.610

排名 1 · TkA05G433210 · TK1151

细胞核0.311

排名 2 · TkA05G433210 · TK1151

高尔基体0.144

排名 3 · TkA05G433210 · TK1151

溶酶体／液泡0.079

排名 4 · TkA05G433210 · TK1151

内质网0.076

排名 5 · TkA05G433210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04762Beta-prop_ELP1_1st1-160 aa

PF25174Beta-prop_THOC321-134 aa

PF23797Beta-prop_ELP1_2nd22-65 aa

PF23756Beta-prop_HPS522-48 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st68-105 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz71-199 aa

PF12894ANAPC4_WD4074-106 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st75-140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G433210	`PF04762`	Beta-prop_ELP1_1st	1	160	5.3e-80	269.7
TkA05G433210	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	21	134	1.7e-11	44.4
TkA05G433210	`PF23797`	Beta-prop_ELP1_2nd	22	65	9.5e-48	164.2
TkA05G433210	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	22	48	0.11	12.4
TkA05G433210	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	68	105	1.2e-05	25.2
TkA05G433210	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	71	199	0.00017	21.7
TkA05G433210	`PF12894`	ANAPC4_WD40	74	106	3.8e-05	24.6
TkA05G433210	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	75	140	0.00038	20.6
TkA05G433210	`PF23185`	CFAP43_N	75	135	0.2	11.5
TkA05G433210	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	87	146	0.11	12.4
TkA05G433210	`PF08662`	eIF2A	90	200	0.015	15.9
TkA05G433210	`PF26550`	Tricorn_2nd	98	211	0.015	14.8
TkA05G433210	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	117	142	1.2e-05	25.2
TkA05G433210	`PF00400`	WD40	117	132	0.38	12.1
TkA05G433210	`PF12894`	ANAPC4_WD40	125	184	3.8e-05	24.6
TkA05G433210	`PF04762`	Beta-prop_ELP1_1st	160	322	5.3e-80	269.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNA4`	拟南芥	sp\|Q9FNA4\|ELP1_ARATH Elongator complex protein 1	52.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WW55`	拟南芥	sp\|Q0WW55\|ZEUS1_ARATH Thymidylate kinase	68.500%	Swiss-Prot	高置信

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