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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G504450
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127414580-127417027 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2355 bp · TkA04G504450|TK1151|cDNA

AAAAAGACAAGTTCAAAATATGAACATTAGTGTAGTATCCACACTGTTTGGACCAATGCAGTATAACTTTCGCAACCACATCCACCGTCTTTCCAACATAGTTTGTGATGACGTTATCTTCTTTCTAAACCAAAAGCGAATCTACCATGAATGCCATGACCACCATTCCACATCCAATCGTCCCTGCCACCATCCACCGAAATCACTACAACCACCTCTTCAATTCAATCTCTGCTGCTTCGTCCCTTTCACACCTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2181 bp · TkA04G504450|TK1151|CDS

ATGAATGCCATGACCACCATTCCACATCCAATCGTCCCTGCCACCATCCACCGAAATCACTACAACCACCTCTTCAATTCAATCTCTGCTGCTTCGTCCCTTTCACACCTTAAGCAAATCCACACCCAAATCCTCCGCTCTGGCCTTGACCGCTCCAATTCTCTCCTCATCAAACTCCTCCTCTCTGCCTGCACCATATCATCCCCATCCTTCGACTACGCTTTATCGGTCTTTTACCAAATGCACAACCGGGAACCCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

726 aa · TkA04G504450|TK1151|PROTEIN

MNAMTTIPHPIVPATIHRNHYNHLFNSISAASSLSHLKQIHTQILRSGLDRSNSLLIKLLLSACTISSPSFDYALSVFYQMHNREPHLSNKLLRELSRSGKPEKALLAYAKMREQGFVIDSFSLPPLLKASTRISALNEGMELQGFATKMDFVSDPYVQTGLVAMYAACGHIEDARLVFDKMSQRDIVAWDIMINGYCESGSYSHVLPLIEEMKRWNIIPDEKIFSTVLSACGRAGNLEFGKAFHEFITENKVIVDYNLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G504450
TK1151 IDTkA04G504450
OH-1004 IDLXL04_000623
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.730 / OH-1004 93.842
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G504450
位置Chr04:127414580-127417027 (-)
描述Similar to PCMP-H33: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g14820 含五重复肽的蛋白 At4g14820。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At3g08820 推测含五重复肽蛋白 At3g08820。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
ath:AT3G12770
ath:AT3G22690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.572
排名 1 · TkA04G504450 · TK1151
质体0.270
排名 2 · TkA04G504450 · TK1151
细胞核0.064
排名 3 · TkA04G504450 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA04G504450 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA04G504450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long20-134 aa
PF29070MSC6_N25-101 aa
PF01535PPR71-83 aa
PF13041PPR_290-123 aa
PF13812PPR_390-116 aa
PF23276TPR_2491-130 aa
PF13428TPR_1491-115 aa
PF01535PPR92-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G504450PF17177PPR_long201341.9e-1247.8
TkA04G504450PF29070MSC6_N251012.6e-1040.7
TkA04G504450PF01535PPR71832.4e-58191.1
TkA04G504450PF13041PPR_2901231.7e-56188.8
TkA04G504450PF13812PPR_3901161.5e-2073.8
TkA04G504450PF23276TPR_24911302.5e-1350.8
TkA04G504450PF13428TPR_14911158.6e-0832.8
TkA04G504450PF01535PPR921172.4e-58191.1
TkA04G504450PF10602RPN7971150.001119.4
TkA04G504450PF00637Clathrin1551750.06313.7
TkA04G504450PF17049AEP11551970.1711.7
TkA04G504450PF14559TPR_191561846.6e-1039.9
TkA04G504450PF13812PPR_31601861.5e-2073.8
TkA04G504450PF13428TPR_141611848.6e-0832.8
TkA04G504450PF01535PPR1621862.4e-58191.1
TkA04G504450PF13041PPR_21621861.7e-56188.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O23337拟南芥sp|O23337|PP311_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1482055.000%Swiss-Prot高置信
O82380拟南芥sp|O82380|PP175_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic42.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic35.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SR82拟南芥sp|Q9SR82|PP219_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0882033.000%Swiss-Prot中等置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic35.400%Swiss-Prot中等置信

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