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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000623
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11332378-11334621 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2244 bp · LXL04_000623|LXL04_000623|OH1004|cDNA

ATGGCAGCCCCAAGTCTTCCGATCACCTCCCTACCACCGCACCACCGCGTCTCTCTCTCCCCTGCAACTTCTTCCATAACGGTCAATAATGGCCGATATTTTTCCAACCATCCAACAATTTTACTTGCCAATCAATGTTCGAATTCGAAACAACTCAAACAGATTCACGCCCAAATGCTCCGCAACGGTCTTTTCTCCGACCCCTTTTCAGCCAGTATCCTCGTCTCCGCTTTTGCCTTTTCTCCTTTGCAAGACGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2244 bp · LXL04_000623|LXL04_000623|OH1004|CDS

ATGGCAGCCCCAAGTCTTCCGATCACCTCCCTACCACCGCACCACCGCGTCTCTCTCTCCCCTGCAACTTCTTCCATAACGGTCAATAATGGCCGATATTTTTCCAACCATCCAACAATTTTACTTGCCAATCAATGTTCGAATTCGAAACAACTCAAACAGATTCACGCCCAAATGCTCCGCAACGGTCTTTTCTCCGACCCCTTTTCAGCCAGTATCCTCGTCTCCGCTTTTGCCTTTTCTCCTTTGCAAGACGTCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

747 aa · LXL04_000623|LXL04_000623|OH1004|PROTEIN

MAAPSLPITSLPPHHRVSLSPATSSITVNNGRYFSNHPTILLANQCSNSKQLKQIHAQMLRNGLFSDPFSASILVSAFAFSPLQDVDYAHKLFDQIPKPNIYTWNALIRAYSSSQVPIQSLSIFTQMLYRSDEVLPNKFTYPFVIKAASELLDMRLGEVLLGMAIKMSLGSDVFILNSLIHFYSSCKCLNSAYRVFLNIPTKDVVSWNSMITGFAQGDRPDEALKLFHEMQGESFRPDKVTMMSALTACTKKLDLTTGRW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000623
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000623
位置Chr01:11332378-11334621 (+)
描述Similar to PCMP-H33: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At3g12770 含有五肽重复序列的蛋白质At3g12770。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
ath:AT3G12770
ath:AT3G22690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.573
排名 1 · LXL04_000623 · OH-1004
质体0.294
排名 2 · LXL04_000623 · OH-1004
细胞核0.055
排名 3 · LXL04_000623 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_000623 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_000623 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_299-147 aa
PF13041.13PPR_2202-250 aa
PF12854.14PPR_1203-231 aa
PF01535.27PPR205-233 aa
PF01535.27PPR278-305 aa
PF13041.13PPR_2335-383 aa
PF01535.27PPR338-364 aa
PF13041.13PPR_2439-486 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000623PF13041.13PPR_2991472.6e-63210.7
LXL04_000623PF13041.13PPR_22022502.6e-63210.7
LXL04_000623PF12854.14PPR_12032312.2e-38130.4
LXL04_000623PF01535.27PPR2052331.1e-65214.2
LXL04_000623PF01535.27PPR2783051.1e-65214.2
LXL04_000623PF13041.13PPR_23353832.6e-63210.7
LXL04_000623PF01535.27PPR3383641.1e-65214.2
LXL04_000623PF13041.13PPR_24394862.6e-63210.7
LXL04_000623PF01535.27PPR4424711.1e-65214.2
LXL04_000623PF13812.13PPR_34454851.9e-2589.4
LXL04_000623PF17177.11PPR_long4585693.3e-1453.5
LXL04_000623PF12854.14PPR_15065372.2e-38130.4
LXL04_000623PF20431.5E_motif5566187.9e-2381.2
LXL04_000623PF20430.4Eplus_motif6246494.5e-0730.2
LXL04_000623PF14432.13DYW_deaminase6547471.4e-35121.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic57.995%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LN01拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic40.154%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LTV8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1277039.351%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SJZ3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial40.694%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LUJ2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269038.761%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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