TkA04G141720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G141720

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36629479-36632825 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2202 bp · TkA04G141720|TK1151|cDNA

GAGGAGTCAAAACGTAAATAAATGAAAGTTATGTGGCCATAGACGATAGAAGCTAACAAGATTCTGAAAACGTTTTAGCTCCGAAAAACCCACTTGAAGAATTCACATTCCGATAATGATTCCTAAAACCCTCTCCCTCACCTCCTTCTCCACATTCCTCCTTCCTCATCAATTCAAAACCCCCAAATTTTGCAATTCGAGTCGGACTATAGTCATTTGCAAACCCATTAATTCACAAACCCAACAACAGAATCAACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1710 bp · TkA04G141720|TK1151|CDS

ATGATTCCTAAAACCCTCTCCCTCACCTCCTTCTCCACATTCCTCCTTCCTCATCAATTCAAAACCCCCAAATTTTGCAATTCGAGTCGGACTATAGTCATTTGCAAACCCATTAATTCACAAACCCAACAACAGAATCAACCACCCCTTCAGACACAATTATCAGTTGCTTCACCTGAATCACAAGGAACCGGAGCTGCCGCCCCGACCCGAGGGGATATCTTCCTTGAACGACAACAGCTCTTGGCGGCTTCAGCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

569 aa · TkA04G141720|TK1151|PROTEIN

MIPKTLSLTSFSTFLLPHQFKTPKFCNSSRTIVICKPINSQTQQQNQPPLQTQLSVASPESQGTGAAAPTRGDIFLERQQLLAASASALVIEKKKKKKKAKTSGSLKSTSTSTYSCYGCGAPLQISETDAPGYVEPETYELKKKHRQLRTILCGRCRLLSHGHMITAVGGNGGYAGGKQFVTAEELREKLRHLRHEKALIVKLVDIVDFNGSFLAHVRDLAGANPIILVVTKVDLLPKGTDFDCIGDWVVEATMRKKLNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G141720`
TK1151 ID	TkA04G141720
OH-1004 ID	LXL04_035338
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G141720

位置 Chr04:36629479-36632825 (-)

描述 Similar to NOA1: NO-associated protein 1, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47450`	表现出 cGTP 酶活性。	AtNOS/AtNOA1 is a functional Arabidopsis thaliana cGTPase and not a nitric-oxide synthase.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m804838200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0104700`	产生一氧化氮（NO），一种参与植物激素信号传导和防御反应的信使分子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035338 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006809 nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47450

ath:AT3G57180

bsu:BSU25670

bta:539773

dosa:Os02g0104700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.568

排名 1 · TkA04G141720 · TK1151

质体0.364

排名 2 · TkA04G141720 · TK1151

细胞核0.062

排名 3 · TkA04G141720 · TK1151

细胞质0.034

排名 4 · TkA04G141720 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA04G141720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926MMR_HSR199-147 aa

PF03193RsgA_GTPase225-356 aa

PF01926MMR_HSR1290-360 aa

PF21516YqeH-like_C426-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G141720	`PF01926`	MMR_HSR1	99	147	8e-08	33.1
TkA04G141720	`PF03193`	RsgA_GTPase	225	356	0.0053	17.3
TkA04G141720	`PF01926`	MMR_HSR1	290	360	8e-08	33.1
TkA04G141720	`PF21516`	YqeH-like_C	426	539	1.5e-13	51.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q66GP9`	拟南芥	sp\|Q66GP9\|NOA1_ARATH NO-associated protein 1, chloroplastic/mitochondrial	63.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YPG5`	水稻	sp\|Q6YPG5\|NOS_ORYSJ Putative nitric oxide synthase	64.900%	Swiss-Prot	高置信

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