TkA04G110170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G110170

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28646271-28651324 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3665 bp · TkA04G110170|TK1151|cDNA

CCAACTTGTAAACAATTCTACGATAGTGAGAATATTATTGGGTTCCATTGAGTTGAGCTAATTTGACACACAACAATATGTATTTATACATTTACAAACATAGTTACATGTGTCTTTACGTTTTTTTTGAAATGTATAAATACTGATTCTGATAGTAATCCAAAAATACCTTCCATGATAAAACTAAAACAACAGAAGTTAAAGGACCAAAAAATTATTTTTACCTAATACAGCAAAAAATATGATTTTCTGTACACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2418 bp · TkA04G110170|TK1151|CDS

ATGGAGAAAAAACAGAAGAAGTTTCTAACAGTCGCACCCTTCGAATGTGCCTGGCGTGACGATTTGAGATTCAAAGAAGCTGGAAGAGGGTGTGTCGCATTTGAAGCATTCGCTCACAATGACGTCACCGTCGTCTTCCGTGAGCAATTAGGCAGTCAACACTACCATTACAAAAGGGACAACAGTCCTCATTATACGGTAATCATAGGTAGCCATAGAAACCGTAGGTTAAAAATCGAGGTAGATGGGATCACCACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

805 aa · TkA04G110170|TK1151|PROTEIN

MEKKQKKFLTVAPFECAWRDDLRFKEAGRGCVAFEAFAHNDVTVVFREQLGSQHYHYKRDNSPHYTVIIGSHRNRRLKIEVDGITTVDEAGLGLCCSSAFQSYWISICDGLISVGKGRYPFQNLIFQWLDTKPNCSVQYVGLSSWDKHVGYRNVNVLPLTQNHISLWKHVDCGEYNGEDDTEEDLRGEFGNFDNHQGLGSFLENWELSDVYFIVGNEENAVPAHKLILAAVDSFDLSLLDQDFIAIKDVTYPVLHAFLRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G110170`
TK1151 ID	TkA04G110170
OH-1004 ID	LXL04_035762
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G110170

位置 Chr04:28646271-28651324 (+)

描述 Similar to At2g30600/At2g30610: BTB/POZ domain-containing protein At2g30600

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8LEV3`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035762 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006895 Golgi to endosome transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0045747 positive regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30600

cel:CELE_C34D4.14

gga:425091

hsa:25831

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · TkA04G110170 · TK1151

细胞核0.306

排名 2 · TkA04G110170 · TK1151

线粒体0.114

排名 3 · TkA04G110170 · TK1151

细胞膜0.104

排名 4 · TkA04G110170 · TK1151

内质网0.092

排名 5 · TkA04G110170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12248Methyltransf_FA14-155 aa

PF00651BTB200-297 aa

PF21536BTB_KLHL33241-265 aa

PF21913ORC6_2nd275-307 aa

PF00651BTB341-451 aa

PF21536BTB_KLHL33379-417 aa

PF07707BACK427-454 aa

PF07707BACK466-529 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G110170	`PF12248`	Methyltransf_FA	14	155	6.9e-30	104.3
TkA04G110170	`PF00651`	BTB	200	297	1.1e-29	103.6
TkA04G110170	`PF21536`	BTB_KLHL33	241	265	7.9e-08	32.8
TkA04G110170	`PF21913`	ORC6_2nd	275	307	0.047	14.9
TkA04G110170	`PF00651`	BTB	341	451	1.1e-29	103.6
TkA04G110170	`PF21536`	BTB_KLHL33	379	417	7.9e-08	32.8
TkA04G110170	`PF07707`	BACK	427	454	8.1e-06	26.6
TkA04G110170	`PF07707`	BACK	466	529	8.1e-06	26.6
TkA04G110170	`PF00754`	F5_F8_type_C	662	751	4.1e-09	37.3
TkA04G110170	`PF22633`	F5_F8_type_C_2	699	751	0.0016	19.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LEV3`	拟南芥	sp\|Q8LEV3\|Y2060_ARATH BTB/POZ domain-containing protein At2g30600	64.000%	Swiss-Prot	高置信

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