TkA03G479500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G479500

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 119872821-119874873 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1803 bp · TkA03G479500|TK1151|cDNA

CAAAAATTCAATATTGCAACAAAATTTTAATATTGCAATCTTGAGTGAAATTTGGAAATTGACATCTGAAAAACGAATTTGTTGAAACCTATTTACATCTATGCGGAGCTCCGCCGCGAATACTCGCCGAGATGGCACTTGGCAGTGCAGTAAAGGCTAAAATCATCTGAACTACAATGCACTTCGGTGGCTCCTCCGCCATGAAGATGATAGTGGGGAAATTGCGAACTCCTCCGTTAGCCTCATGGAGTGAATTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1506 bp · TkA03G479500|TK1151|CDS

ATGCACTTCGGTGGCTCCTCCGCCATGAAGATGATAGTGGGGAAATTGCGAACTCCTCCGTTAGCCTCATGGAGTGAATTTTGTTGCGGTTCGTCTAGGGCTCTAAGGGTTTTGCGTTACTCCACAAAAACCCTAACCCCCAATCACTTAGTCACTACATCTTCAACTGCTACGCCTACCACTCTGTACCACAGACTCGTCCGTTCTCAAGAACCTTCGATTACTCCGGTTCTAGACCAATGGGTAGGAGAAGGAAGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

501 aa · TkA03G479500|TK1151|PROTEIN

MHFGGSSAMKMIVGKLRTPPLASWSEFCCGSSRALRVLRYSTKTLTPNHLVTTSSTATPTTLYHRLVRSQEPSITPVLDQWVGEGRPVDQEDLHRIMKQLRKFSRYKHALEICRWMNNKPYLDVSHKSISIELDLISKVYGLKQAEDYFNKIPNNSRVWQVYGALLNCYAESKSLEKAESTMQKLRELGYSKSLTYNVMMGLYSTMLQYEKLDILMNEMEQKGIRIDKFTYGIRLNAYAKTSEIPKMEKLLLKMEADPEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G479500`
TK1151 ID	TkA03G479500
OH-1004 ID	LXL04_009868
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G479500

位置 Chr03:119872821-119874873 (-)

描述 Similar to At2g20710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20710`	含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At5g27460`	含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。	暂无已核实直接文献
`At1g02150`	含五重复肽的蛋白 At1g02150。	暂无已核实直接文献
`At4g02820`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g43010`	假定的含五螺旋重复序列蛋白At1g43010。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT2G20710

ath:AT4G02820

ath:AT4G21705

ath:AT5G27460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.822

排名 1 · TkA03G479500 · TK1151

质体0.090

排名 2 · TkA03G479500 · TK1151

细胞核0.059

排名 3 · TkA03G479500 · TK1151

细胞质0.038

排名 4 · TkA03G479500 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA03G479500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18436HECW1_helix5-18 aa

PF29070MSC6_N84-184 aa

PF13383Methyltransf_2291-156 aa

PF18436HECW1_helix94-117 aa

PF13041PPR_2100-119 aa

PF13424TPR_12105-113 aa

PF24760TPR_IF140_C151-186 aa

PF14559TPR_19153-187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G479500	`PF18436`	HECW1_helix	5	18	0.31	11.9
TkA03G479500	`PF29070`	MSC6_N	84	184	3.5e-14	53.4
TkA03G479500	`PF13383`	Methyltransf_22	91	156	0.12	12.6
TkA03G479500	`PF18436`	HECW1_helix	94	117	0.31	11.9
TkA03G479500	`PF13041`	PPR_2	100	119	7.1e-23	81.2
TkA03G479500	`PF13424`	TPR_12	105	113	0.046	14.6
TkA03G479500	`PF24760`	TPR_IF140_C	151	186	0.048	14.8
TkA03G479500	`PF14559`	TPR_19	153	187	0.0075	17.3
TkA03G479500	`PF13424`	TPR_12	160	187	0.046	14.6
TkA03G479500	`PF01535`	PPR	161	189	3.6e-23	80.8
TkA03G479500	`PF13041`	PPR_2	162	189	7.1e-23	81.2
TkA03G479500	`PF13812`	PPR_3	162	204	2.9e-09	37.6
TkA03G479500	`PF12854`	PPR_1	162	179	3e-07	30.8
TkA03G479500	`PF20431`	E_motif	175	225	0.005	17.8
TkA03G479500	`PF13041`	PPR_2	194	240	7.1e-23	81.2
TkA03G479500	`PF17177`	PPR_long	194	290	3.3e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKU6`	拟南芥	sp\|Q9SKU6\|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial	43.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q3E911`	拟南芥	sp\|Q3E911\|PP400_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27460	32.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LPS6`	拟南芥	sp\|Q8LPS6\|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150	30.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SY07`	拟南芥	sp\|Q9SY07\|PP302_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial	25.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C545`	拟南芥	sp\|Q9C545\|PPR72_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g43010	26.600%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情