TkA03G473130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G473130

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 118266336-118270371 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1745 bp · TkA03G473130|TK1151|cDNA

GCAGAATACATCCACACCAATTCTTTTCCAACACCTCCCAAAGTCTTTTTACTATAAATACCTTCCTACACACACACACATTTAACACATCAACCTCCAGCTTTCGCACACATCTGTAGATCACCACATAAAATCGTGCCAAACCGTTACCACGATCTGCGATTTCGATAAGTTCTTTGTGAATCGATTCATCGATCGGATCGAGCGGAAAGTAGTTTGATCTGATTGATTAACGATAAAATGGGGAGTTTAAAGGCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1257 bp · TkA03G473130|TK1151|CDS

ATGGGGAGTTTAAAGGCAGTATTGAAGCATCCCGACGATTTTTTCCCGCTGTTGAAGTTGAAGATAGCTGCGAAAAAGGCTGAGAAACAGATCCCGGCGGAGCCACACTGGGGATTCTGTTACTCTATGCTTCATAAGGTTTCTAGAAGCTTCGCGCTTGTTATTCAACAGCTCAATCCGGAGCTTCGTGATGCTGTTTGCATTTTCTATCTGGTTCTTCGTGCCCTTGACACCGTTGAGGACGATACAAGTATAGAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

418 aa · TkA03G473130|TK1151|PROTEIN

MGSLKAVLKHPDDFFPLLKLKIAAKKAEKQIPAEPHWGFCYSMLHKVSRSFALVIQQLNPELRDAVCIFYLVLRALDTVEDDTSIEADIKVPILIAFHEHIYDRDWHFACGTKEYKVLMDQFHHVSAAFLELKKSYQEAIKDITMRMGAGMAKFICKEVETVDDYDEYCHYVAGLVGLGLSKLFHASGTEKLFPDSISNSMGLFLQKINIIRDYLEDINEIPKSRMFWPREIWSKYVNKLEELKYEENSDKAVQCLNDMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G473130`
TK1151 ID	TkA03G473130
OH-1004 ID	LXL04_019755
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.325 / OH-1004 97.630 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G473130`
位置	Chr03:118266336-118270371 (+)
描述	Similar to SS2: Squalene synthase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019755` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程 GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程 GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程 GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程 GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程 GO:0045338 farnesyl diphosphate metabolic process 生物过程 GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程 GO:1902438 response to vanadate(3-) 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.792

排名 1 · TkA03G473130 · TK1151

细胞质0.115

排名 2 · TkA03G473130 · TK1151

高尔基体0.085

排名 3 · TkA03G473130 · TK1151

细胞核0.078

排名 4 · TkA03G473130 · TK1151

细胞膜0.072

排名 5 · TkA03G473130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09940DUF217234-42 aa

PF00494SQS_PSY44-315 aa

PF09940DUF217289-125 aa

PF16688CNV-Replicase_N112-185 aa

PF20715DUF6827116-157 aa

PF20715DUF6827162-183 aa

PF14663RasGEF_N_2213-243 aa

PF20715DUF6827231-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G473130	`PF09940`	DUF2172	34	42	0.13	13.3
TkA03G473130	`PF00494`	SQS_PSY	44	315	6.1e-53	180.9
TkA03G473130	`PF09940`	DUF2172	89	125	0.13	13.3
TkA03G473130	`PF16688`	CNV-Replicase_N	112	185	0.16	13.1
TkA03G473130	`PF20715`	DUF6827	116	157	0.68	10.4
TkA03G473130	`PF20715`	DUF6827	162	183	0.68	10.4
TkA03G473130	`PF14663`	RasGEF_N_2	213	243	0.13	13.4
TkA03G473130	`PF20715`	DUF6827	231	270	0.68	10.4
TkA03G473130	`PF14663`	RasGEF_N_2	253	290	0.13	13.4
TkA03G473130	`PF14663`	RasGEF_N_2	348	372	0.13	13.4
TkA03G473130	`PF20715`	DUF6827	354	401	0.68	10.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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