TkA03G415860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G415860

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 103441390-103444401 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1722 bp · TkA03G415860|TK1151|cDNA

CGGAAGCCGAATGACATGACCCGATTTTAAATACAGACGAGGAGGAGTGGTGGGGAGCGGTTATCGGAGAACTAGACTCTGTTTGACTTCACAAAGACGGATGGCTGCTAGCGACATTGGCGACGAGACGAGCGACATGGACGAGCAAGAGCAAGAAGAGGCTTTGGTGGCTTTAATCGAACACCGTACCAAAGAAGTTGAACATCTCCGTATGCGTGTAGCCTATTATGAATCCGAGCTTGTTGAATCTGAGAAAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · TkA03G415860|TK1151|CDS

ATGGCTGCTAGCGACATTGGCGACGAGACGAGCGACATGGACGAGCAAGAGCAAGAAGAGGCTTTGGTGGCTTTAATCGAACACCGTACCAAAGAAGTTGAACATCTCCGTATGCGTGTAGCCTATTATGAATCCGAGCTTGTTGAATCTGAGAAAAAATTGGAGGAAACACAAGGCCAATTGGCTCGCCTTCGAAGTCGAGCATCTACAAGATCAATTGGAAGCAGTATAAGAGTTGAAGAAGAAATATCAACTAGTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

525 aa · TkA03G415860|TK1151|PROTEIN

MAASDIGDETSDMDEQEQEEALVALIEHRTKEVEHLRMRVAYYESELVESEKKLEETQGQLARLRSRASTRSIGSSIRVEEEISTSPLKITNDKPSDKSNGTSCDSKTIKTKPKPLLVIPGMNPKASQSAPLKMVEYDKASSQRESQGYGVLTKQEAAESQAKGTKRKRKSKENGHKDLSEVICSCSSPITITAISHHIPSQHKRKLRSLVLCPTNDQLFATSALDGIVNMWQIEGRGSHAQLVNSINVASLTQRRWPED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G415860`
TK1151 ID	TkA03G415860
OH-1004 ID	LXL04_009286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G415860`
位置	Chr03:103441390-103444401 (-)
描述	Similar to MSI1: Histone-binding protein MSI1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009286` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G58230 dme:Dmel_CG4236 dosa:Os03g0640100 gga:395390 xtr:395039 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.752

排名 1 · TkA03G415860 · TK1151

细胞质0.254

排名 2 · TkA03G415860 · TK1151

细胞膜0.048

排名 3 · TkA03G415860 · TK1151

溶酶体／液泡0.035

排名 4 · TkA03G415860 · TK1151

高尔基体0.029

排名 5 · TkA03G415860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24796WDR558-50 aa

PF16529Ge1_WD409-50 aa

PF24922ACBP4_C17-69 aa

PF29090PEA2_C23-99 aa

PF04791LMBR129-110 aa

PF23419WD40_RFWD350-109 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st184-340 aa

PF24796WDR55194-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G415860	`PF24796`	WDR55	8	50	1.5e-09	38.1
TkA03G415860	`PF16529`	Ge1_WD40	9	50	0.12	12.0
TkA03G415860	`PF24922`	ACBP4_C	17	69	0.35	11.9
TkA03G415860	`PF29090`	PEA2_C	23	99	0.58	10.9
TkA03G415860	`PF04791`	LMBR1	29	110	0.39	10.3
TkA03G415860	`PF23419`	WD40_RFWD3	50	109	9.6e-05	22.6
TkA03G415860	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	184	340	2e-17	64.0
TkA03G415860	`PF24796`	WDR55	194	234	1.5e-09	38.1
TkA03G415860	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	197	236	5.1e-08	33.1
TkA03G415860	`PF24814`	WD40_Prp19	198	293	1.1e-18	68.0
TkA03G415860	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	198	239	3.7e-13	50.2
TkA03G415860	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	200	442	2.1e-15	57.5
TkA03G415860	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	200	291	2.2e-08	34.5
TkA03G415860	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	201	299	6.9e-24	85.0
TkA03G415860	`PF00400`	WD40	201	232	2.6e-13	50.6
TkA03G415860	`PF29037`	DSE1_N	201	252	3.8e-08	33.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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