TkA02G175270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G175270

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 45142247-45148571 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4609 bp · TkA02G175270|TK1151|cDNA

ATAAAGTATAAAGACTTGCCTCCACAATCATTTTTTTAAATCAAAAATTCGTGATCCGTCTTTTTATGTTGTCCCTACATCGATAAAATAACTAGTGTGGGAGAAATAATTGATGCGCTTTTTCCCTTTATAATTTTTTCAAAGTTTCAAAAGGAAAAGCGAACAATAAGGTAAAAGTAAAAGAAAATTTCTATTTTCCACCGAAAGAAACCATATTCACAATATGATTTTATTATTTTGGTAAAACTTGTTCTAAGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4116 bp · TkA02G175270|TK1151|CDS

ATGACATCAAACCAGAGCTTAAGAGATCTTCAATGGCTTCTTCAATCTATTCAAACTGAAAGTCTCGACCTTAAAAGCATCTCCTTCCATCTTTCTCAACCGTCATCATGTTGTCATCAAGAAACCCAAGATTCGATTCATATAAACATTTCAAGCGATTCCCATTTCCAGTTTTCCAACATTATAGCATCCCTTTCAACATCTCCCAAAACCCACAATTTGCTGCAAAATCTCGAGTTTTATCAAGTTGAATGGCGGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1371 aa · TkA02G175270|TK1151|PROTEIN

MTSNQSLRDLQWLLQSIQTESLDLKSISFHLSQPSSCCHQETQDSIHINISSDSHFQFSNIIASLSTSPKTHNLLQNLEFYQVEWRVEEMRGLEVLLDGSINVKQLEFKANRLNAQCMKELSKILRKNETIKEVILSESRIGSLGATLISSALKVNSCLEELQIWEDAIGSKGAEELSKMIEANSTLKLLIIFDSSSITATPLISAVLARNRSMEVHLWSGKRNKNNSSKVVEFAPESSTLRIYRLSTSGACRVTGALGW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G175270`
TK1151 ID	TkA02G175270
OH-1004 ID	LXL04_016198
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G175270

位置 Chr02:45142247-45148571 (-)

描述 Similar to TRN1: Protein TORNADO 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55540`	参与调节生长和器官组织的生长素的基叶运输。	LOP1: a gene involved in auxin transport and vascular patterning in Arabidopsis.1996 · DOI: 10.1242/dev.122.6.1811

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016198 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0009956 radial pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55540

ddi:DDB_G0291079

hsa:197358

rno:499589

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.433

排名 1 · TkA02G175270 · TK1151

细胞核0.275

排名 2 · TkA02G175270 · TK1151

线粒体0.214

排名 3 · TkA02G175270 · TK1151

细胞膜0.173

排名 4 · TkA02G175270 · TK1151

内质网0.101

排名 5 · TkA02G175270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25497COR-B41-83 aa

PF05714PFam54_6049-78 aa

PF29255LRR_NLRC397-214 aa

PF27087LRR_TMOD-LMOD97-189 aa

PF05714PFam54_60111-127 aa

PF29265LRR_CARMIL115-203 aa

PF13516LRR_6127-149 aa

PF13516LRR_6156-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G175270	`PF25497`	COR-B	41	83	1.9e-13	51.1
TkA02G175270	`PF05714`	PFam54_60	49	78	1.4	9.2
TkA02G175270	`PF29255`	LRR_NLRC3	97	214	7.7e-26	91.5
TkA02G175270	`PF27087`	LRR_TMOD-LMOD	97	189	1e-21	77.9
TkA02G175270	`PF05714`	PFam54_60	111	127	1.4	9.2
TkA02G175270	`PF29265`	LRR_CARMIL	115	203	1.9e-10	40.7
TkA02G175270	`PF13516`	LRR_6	127	149	1.5e-10	41.0
TkA02G175270	`PF13516`	LRR_6	156	177	1.5e-10	41.0
TkA02G175270	`PF08477`	Roc	161	195	1.1e-05	26.3
TkA02G175270	`PF29255`	LRR_NLRC3	245	451	7.7e-26	91.5
TkA02G175270	`PF27087`	LRR_TMOD-LMOD	253	330	1e-21	77.9
TkA02G175270	`PF13516`	LRR_6	261	271	1.5e-10	41.0
TkA02G175270	`PF29265`	LRR_CARMIL	263	349	1.9e-10	40.7
TkA02G175270	`PF13516`	LRR_6	288	310	1.5e-10	41.0
TkA02G175270	`PF27087`	LRR_TMOD-LMOD	300	391	1e-21	77.9
TkA02G175270	`PF13516`	LRR_6	316	336	1.5e-10	41.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ57`	拟南芥	sp\|Q9FJ57\|TRN1_ARATH Protein TORNADO 1	65.800%	Swiss-Prot	高置信

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