TkA01G620610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G620610

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 156596909-156599056 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1985 bp · TkA01G620610|TK1151|cDNA

TATTTATTTCATACCACATGCTTCTTTACCAGTTTTCTTTATCCATCTCCCAGAAAGATGATCTCTTTCACAACCTCTTGCCTCCTCTTGCCTGCTTCCTCTCCTGAATTTTAGGGGTTTCTTAGATTCTTGGTATGTTTGAATAATTTGTGGGGTTTTCGGCGATAGAACATCGTAATTTTCGGTAAATTCTTCTTGGTGTTCAATGGATACTTTGTTGAGGACTCACAGTTCGTTCGAATTTCTCCACCCGCTTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1515 bp · TkA01G620610|TK1151|CDS

ATGGATACTTTGTTGAGGACTCACAGTTCGTTCGAATTTCTCCACCCGCTTCACAGATTTGCAGGAAATCTGACCAATTTGAGTTCATCCAAGTCTCAAATTCACGAACCTAGATTAAGCCCTAAAAAATCCCATCTAAAATGGAGTCATGGAGGTTGTGTTAAGGCCAGTAGTAGTGCTCTACTAGAACTCGTACCGGAAATCAAGAAAGAAAACCTCGATTTCGAGCTTCCTCTCTATGACCCTTCAAAGGGTGTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

504 aa · TkA01G620610|TK1151|PROTEIN

MDTLLRTHSSFEFLHPLHRFAGNLTNLSSSKSQIHEPRLSPKKSHLKWSHGGCVKASSSALLELVPEIKKENLDFELPLYDPSKGVVVDLVVVGGGPSGLAVAQQVSEAGLTVCSIDPSPKLIWPNNYGVWVDEFEAMDLLDCLDTTWSSAVVYIDENSTKNLGRPYGRVNRKQLKSKMLKKCISNGVKFHQAKVIKVIHEELKSLLICNDGVTIQATLVLDATGFSRSLVQYDKPYNPGYQVAYGILAEVEEHPFDVDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G620610`
TK1151 ID	TkA01G620610
OH-1004 ID	LXL04_000313
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G620610

位置 Chr01:156596909-156599056 (+)

描述 Similar to LCY1: Lycopene beta cyclase, chloroplastic/chromoplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10230`	参与类胡萝卜素生物合成。	Lutein accumulation in the absence of zeaxanthin restores nonphotochemical quenching in the Arabidopsis thaliana npq1 mutant.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.066571

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000313 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0016117 carotenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016123 xanthophyll biosynthetic process 生物过程

GO:1901812 beta-carotene biosynthetic process 生物过程

GO:1901818 beta-zeacarotene biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009509 chromoplast 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0046862 chromoplast membrane 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016705 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA57386

ag:CAA60119

ath:AT3G10230

cann:107869983

nta:107763207

sly:544104

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.978

排名 1 · TkA01G620610 · TK1151

线粒体0.031

排名 2 · TkA01G620610 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA01G620610 · TK1151

细胞核0.018

排名 4 · TkA01G620610 · TK1151

过氧化物酶体0.014

排名 5 · TkA01G620610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01946Thi486-117 aa

PF07992Pyr_redox_288-228 aa

PF05834Lycopene_cycl89-481 aa

PF01266DAO89-119 aa

PF12831FAD_oxidored89-225 aa

PF03486HI0933_like89-121 aa

PF00890FAD_binding_289-117 aa

PF01494FAD_binding_389-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G620610	`PF01946`	Thi4	86	117	3.2e-05	24.0
TkA01G620610	`PF07992`	Pyr_redox_2	88	228	4.4e-07	30.3
TkA01G620610	`PF05834`	Lycopene_cycl	89	481	1.7e-146	488.9
TkA01G620610	`PF01266`	DAO	89	119	8.3e-06	26.3
TkA01G620610	`PF12831`	FAD_oxidored	89	225	0.00058	20.0
TkA01G620610	`PF03486`	HI0933_like	89	121	0.00081	19.7
TkA01G620610	`PF00890`	FAD_binding_2	89	117	0.02	14.8
TkA01G620610	`PF01494`	FAD_binding_3	89	117	0.033	14.1
TkA01G620610	`PF01134`	GIDA	89	225	0.076	12.8
TkA01G620610	`PF00070`	Pyr_redox	90	123	0.00093	20.4
TkA01G620610	`PF04820`	Trp_halogenase	90	110	0.0019	17.8
TkA01G620610	`PF13738`	Pyr_redox_3	91	112	0.013	15.5
TkA01G620610	`PF13454`	NAD_binding_9	91	119	0.017	15.8
TkA01G620610	`PF13450`	NAD_binding_8	92	119	0.0041	18.1
TkA01G620610	`PF03486`	HI0933_like	161	225	0.00081	19.7
TkA01G620610	`PF01266`	DAO	168	231	8.3e-06	26.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38933`	拟南芥	sp\|Q38933\|LCYB_ARATH Lycopene beta cyclase, chloroplastic	77.100%	Swiss-Prot	高置信

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