TkA01G094980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G094980

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 23998031-24002608 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2378 bp · TkA01G094980|TK1151|cDNA

CCCAACTCAAACATCTGACCTCCTCCCGCCAAAATCAAACGAAAAAGTCACAGTAAACCCTTTGAATTGCGTTCTTTTATCTTAAGATTTATTGCACGGACAGATAGAGGATGACGATGATGAGCGCCTGGAAGCAAATCTCAAGTAATGGAGGCCAAACCGAACAAATTTTGGCGCAATATTTCCCTCAAATCGACCACAAACACGGCGATTGGAAGAAGAAGCTGCAACTGACATCGACCCTTTTCGAACAATTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2367 bp · TkA01G094980|TK1151|CDS

ATGACGATGATGAGCGCCTGGAAGCAAATCTCAAGTAATGGAGGCCAAACCGAACAAATTTTGGCGCAATATTTCCCTCAAATCGACCACAAACACGGCGATTGGAAGAAGAAGCTGCAACTGACATCGACCCTTTTCGAACAATTTTTCTCCACTGCTGACGGATTAGAACTCATCTCTCAGGTAAAAAAGGAAGACATATTGTTCATTCTACCCCTTGATTTCCAACATTTCCGGAAAGTATGTATGCTTGAAGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

788 aa · TkA01G094980|TK1151|PROTEIN

MTMMSAWKQISSNGGQTEQILAQYFPQIDHKHGDWKKKLQLTSTLFEQFFSTADGLELISQVKKEDILFILPLDFQHFRKVCMLEEFYDALERNPKEALLCMSAAVHKVLYSKSNDEELDDSTKVNIRLHNHPDSMIALKNLKAAYIERLVSVRGTVVKVSTVKPLVVQMSFTCAKCGTTIARDFPDGKFSPPSVCVIQGCKSRSFNPIRSTAIPIDFQKIRIQELLKSEHHEEGRVPRTVECELVEDLVDTCIPGDVVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G094980`
TK1151 ID	TkA01G094980
OH-1004 ID	LXL04_004943
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G094980

位置 Chr01:23998031-24002608 (+)

描述 Similar to MCM8: Probable DNA helicase MCM8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09660`	可能的 DNA 解旋酶，在减数分裂双链断裂 (DSB) 修复中起作用，但似乎并不需要用于与同源染色体的重组。	MCM8 is required for a pathway of meiotic double-strand break repair independent of DMC1 in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003165

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0464100`	可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AZ14`	可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0007143 female meiotic nuclear division 生物过程

GO:0007292 female gamete generation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0036298 recombinational interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0048232 male gamete generation 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0071168 protein localization to chromatin 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09660

dosa:Os05g0464100

mmu:66634

rno:296178

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.854

排名 1 · TkA01G094980 · TK1151

细胞质0.159

排名 2 · TkA01G094980 · TK1151

线粒体0.069

排名 3 · TkA01G094980 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA01G094980 · TK1151

高尔基体0.011

排名 5 · TkA01G094980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05496RuvB_N54-92 aa

PF14551MCM_N71-131 aa

PF26065MCM8_N83-124 aa

PF17207MCM_OB139-268 aa

PF00493MCM340-554 aa

PF00158Sigma54_activat379-502 aa

PF01078Mg_chelatase382-413 aa

PF07728AAA_5390-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G094980	`PF05496`	RuvB_N	54	92	0.35	11.3
TkA01G094980	`PF14551`	MCM_N	71	131	0.009	17.1
TkA01G094980	`PF26065`	MCM8_N	83	124	0.028	15.0
TkA01G094980	`PF17207`	MCM_OB	139	268	2.1e-27	96.1
TkA01G094980	`PF00493`	MCM	340	554	1.8e-88	296.2
TkA01G094980	`PF00158`	Sigma54_activat	379	502	8.1e-05	23.1
TkA01G094980	`PF01078`	Mg_chelatase	382	413	1.8e-07	31.5
TkA01G094980	`PF07728`	AAA_5	390	527	5.7e-07	30.3
TkA01G094980	`PF07726`	AAA_3	390	505	5.2e-06	27.1
TkA01G094980	`PF13191`	AAA_16	390	425	0.089	14.0
TkA01G094980	`PF13401`	AAA_22	390	480	0.19	12.7
TkA01G094980	`PF05496`	RuvB_N	390	410	0.35	11.3
TkA01G094980	`PF00004`	AAA	391	502	0.089	14.0
TkA01G094980	`PF01078`	Mg_chelatase	439	510	1.8e-07	31.5
TkA01G094980	`PF26065`	MCM8_N	466	483	0.028	15.0
TkA01G094980	`PF17855`	MCM_lid	607	690	8.9e-27	94.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SF37`	拟南芥	sp\|Q9SF37\|MCM8_ARATH Probable DNA helicase MCM8	70.200%	Swiss-Prot	高置信
`B9FKM7`	水稻	sp\|B9FKM7\|MCM8_ORYSJ Probable DNA helicase MCM8	65.000%	Swiss-Prot	高置信
`B8AZ14`	水稻	sp\|B8AZ14\|MCM8_ORYSI Probable DNA helicase MCM8	65.000%	Swiss-Prot	高置信

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