TkA01G034220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G034220

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 8900629-8902047 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1419 bp · TkA01G034220|TK1151|cDNA

ATGCCTCCTTTTTCACAATCGGGCCCTCTCTCTGTTCCATTTTCCCACGAGAATCACAAATTCGACAAGCCCAGCAACCTCTCGTCCACCAATGTCGTCACCATTGACGTCGGCGGCCAGCTCTTTCAAACCACGAAACAAACCCTAACTCTAGCTGGCTCCAACACCCTGTTCTCCAATATCTTCACGACTTACGATCAAATTCCGTTTATCGACAGAGACCCTGATCTTTTCTCAATTCTTCTTTCCGTTTTGAGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1419 bp · TkA01G034220|TK1151|CDS

ATGCCTCCTTTTTCACAATCGGGCCCTCTCTCTGTTCCATTTTCCCACGAGAATCACAAATTCGACAAGCCCAGCAACCTCTCGTCCACCAATGTCGTCACCATTGACGTCGGCGGCCAGCTCTTTCAAACCACGAAACAAACCCTAACTCTAGCTGGCTCCAACACCCTGTTCTCCAATATCTTCACGACTTACGATCAAATTCCGTTTATCGACAGAGACCCTGATCTTTTCTCAATTCTTCTTTCCGTTTTGAGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

472 aa · TkA01G034220|TK1151|PROTEIN

MPPFSQSGPLSVPFSHENHKFDKPSNLSSTNVVTIDVGGQLFQTTKQTLTLAGSNTLFSNIFTTYDQIPFIDRDPDLFSILLSVLRTGNFPSKAKAFDIQDIISEAKFYGIDHLVVQSHSNPSQFDAFNLEKSTILPLSGRDSPSVVATSPYGLVNVAHGSKITSFDWSLRGKSTILTPFTAIDSLLSLSSNVVAAGATDFSGLQIININKGSVVQSLNWENITRSSSTVQAIGTSPDFLFTSFESGRRNSNSIMVYDIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G034220`
TK1151 ID	TkA01G034220
OH-1004 ID	LXL04_005562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G034220

位置 Chr01:8900629-8902047 (-)

描述 Similar to At5g41330: BTB/POZ domain-containing protein At5g41330

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41330`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At3g09030`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	Arabidopsis BTB/POZ protein-dependent PENETRATION3 trafficking and disease susceptibility.2017 · DOI: 10.1038/s41477-017-0039-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035024 negative regulation of Rho protein signal transduction 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24240

ath:AT3G09030

ath:AT4G30940

ath:AT5G41330

hsa:83892

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.541

排名 1 · TkA01G034220 · TK1151

细胞质0.439

排名 2 · TkA01G034220 · TK1151

线粒体0.058

排名 3 · TkA01G034220 · TK1151

过氧化物酶体0.037

排名 4 · TkA01G034220 · TK1151

细胞膜0.033

排名 5 · TkA01G034220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13570Beta-prop_ACSF427-62 aa

PF02214BTB_233-117 aa

PF00651BTB33-119 aa

PF02122Peptidase_S39122-151 aa

PF25279Beta_prop_At2g24240145-466 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st152-301 aa

PF24796WDR55163-200 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz183-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G034220	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	27	62	0.075	13.1
TkA01G034220	`PF02214`	BTB_2	33	117	6.9e-12	46.3
TkA01G034220	`PF00651`	BTB	33	119	0.0052	17.7
TkA01G034220	`PF02122`	Peptidase_S39	122	151	0.18	12.1
TkA01G034220	`PF25279`	Beta_prop_At2g24240	145	466	3e-18	66.5
TkA01G034220	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	152	301	0.00015	22.0
TkA01G034220	`PF24796`	WDR55	163	200	1.6e-05	24.9
TkA01G034220	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	183	262	0.047	13.7
TkA01G034220	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	188	222	0.014	15.1
TkA01G034220	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	191	243	0.014	15.1
TkA01G034220	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	192	230	0.075	13.1
TkA01G034220	`PF02122`	Peptidase_S39	192	243	0.18	12.1
TkA01G034220	`PF24814`	WD40_Prp19	194	219	0.17	11.6
TkA01G034220	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	287	370	0.014	15.1
TkA01G034220	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	288	330	0.047	13.7
TkA01G034220	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	309	376	0.075	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN67`	拟南芥	sp\|Q9FN67\|Y5133_ARATH BTB/POZ domain-containing protein At5g41330	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S7R7`	拟南芥	sp\|Q9S7R7\|EAP3_ARATH Protein ENDOPLASMIC RETICULUM-ARRESTED PEN3	30.400%	Swiss-Prot	中等置信

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