LXL04_037713 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037713

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 19160948-19163561 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2034 bp · LXL04_037713|LXL04_037713|OH1004|cDNA

ATGCTTTGTTTACCTCTCCGTTCTATTTCCCCTCACCCCAAAATCCAATTTCGATCGCAAACCCAAGTGTCGAGATTCTTGTCAACAACCCATTTTGTTCATCTCCATCGTCAAAATAAATATTTGAACAGAATTATCCACAGGAGTTACGGATATACTCCTGGTCCATGTCCTTGTTTGAAATCCGAAACAGAAATCTTCACTTCCAGCGAAGAAGAGTTCGATATGGAATTAGGCCGCCTGTTGAGGCTGTTGCCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2034 bp · LXL04_037713|LXL04_037713|OH1004|CDS

ATGCTTTGTTTACCTCTCCGTTCTATTTCCCCTCACCCCAAAATCCAATTTCGATCGCAAACCCAAGTGTCGAGATTCTTGTCAACAACCCATTTTGTTCATCTCCATCGTCAAAATAAATATTTGAACAGAATTATCCACAGGAGTTACGGATATACTCCTGGTCCATGTCCTTGTTTGAAATCCGAAACAGAAATCTTCACTTCCAGCGAAGAAGAGTTCGATATGGAATTAGGCCGCCTGTTGAGGCTGTTGCCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

677 aa · LXL04_037713|LXL04_037713|OH1004|PROTEIN

MLCLPLRSISPHPKIQFRSQTQVSRFLSTTHFVHLHRQNKYLNRIIHRSYGYTPGPCPCLKSETEIFTSSEEEFDMELGRLLRLLPEEMRRRANEHQELHQLIEVVMDLGRKPLARFPSGDFVLSDHLITVDDLEHATSLVGDFAIDNRAGISRTLHRISAIRNRKGAIIGLTCRVGRAISGSAKLLQDLVKDGASLLLIGPPGVGKTTIIRDIARMLANEYKKRVMIVDTSNEIGGDGDIPHAGIGNARRMQVPDTDMQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037713`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037713

位置 Chr09:19160948-19163561 (+)

描述 Similar to SPD1: Protein SEEDLING PLASTID DEVELOPMENT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10420`	胚胎中eoplast质体（种子成熟脱绿和脱水阶段高度简化的质体）的发育，以及幼苗生长早期该质体的再分化所必需。	A mutation in Arabidopsis seedling plastid development1 affects plastid differentiation in embryo-derived tissues during seedling growth.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.161414

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037713 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0090677 reversible differentiation 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0031972 chloroplast intermembrane space 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10420

bsu:BSU24430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.772

排名 1 · LXL04_037713 · OH-1004

线粒体0.122

排名 2 · LXL04_037713 · OH-1004

细胞质0.086

排名 3 · LXL04_037713 · OH-1004

细胞核0.076

排名 4 · LXL04_037713 · OH-1004

过氧化物酶体0.038

排名 5 · LXL04_037713 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19568.6Spore_III_AA171-323 aa

PF13401.13AAA_22195-281 aa

PF00004.36AAA197-284 aa

PF07728.21AAA_5197-282 aa

PF13238.13AAA_18198-290 aa

PF25516.2PTPase459-538 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037713	`PF19568.6`	Spore_III_AA	171	323	1e-14	55.2
LXL04_037713	`PF13401.13`	AAA_22	195	281	4.6e-06	27.7
LXL04_037713	`PF00004.36`	AAA	197	284	4.1e-08	34.4
LXL04_037713	`PF07728.21`	AAA_5	197	282	5.4e-06	27.2
LXL04_037713	`PF13238.13`	AAA_18	198	290	1.5e-06	29.4
LXL04_037713	`PF25516.2`	PTPase	459	538	4.6e-25	88.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J3R7`	拟南芥	Protein SEEDLING PLASTID DEVELOPMENT 1	49.565%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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