LXL04_037505 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037505

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 12417464-12419600 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1113 bp · LXL04_037505|LXL04_037505|OH1004|cDNA

ATGGCGAAGATAACATTAGGCTGCGAACCAGTCATCGGATCACTAACCCCGTCGAAGAAGAGAGATTACAGAGTCACCAACAGGCTACAGGAAGGCAAACGCCCAATTTACGCCGTCGTTTTCAACTTCATCGACTCTCGTTATTACAACGTCTTCGCCACTGTCGGTGGTAATCGCGTTACGGTATACCAATGCCTTGAAGGCGGCGTAATTGCTGTACTACAGTCCTACATTGACGAAGATAAAGACGAGTCGTTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · LXL04_037505|LXL04_037505|OH1004|CDS

ATGGCGAAGATAACATTAGGCTGCGAACCAGTCATCGGATCACTAACCCCGTCGAAGAAGAGAGATTACAGAGTCACCAACAGGCTACAGGAAGGCAAACGCCCAATTTACGCCGTCGTTTTCAACTTCATCGACTCTCGTTATTACAACGTCTTCGCCACTGTCGGTGGTAATCGCGTTACGGTATACCAATGCCTTGAAGGCGGCGTAATTGCTGTACTACAGTCCTACATTGACGAAGATAAAGACGAGTCGTTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · LXL04_037505|LXL04_037505|OH1004|PROTEIN

MAKITLGCEPVIGSLTPSKKRDYRVTNRLQEGKRPIYAVVFNFIDSRYYNVFATVGGNRVTVYQCLEGGVIAVLQSYIDEDKDESFYTVSWACDANGTPLLVAGGINGIIRVIDAGNEKIHKSFVGHGDSVNEIRTQPLRPSLVLSASKDESVRLWNVQTGICILIFAGAGGHRNEVLSVDFHPSDIYRIASCGMDNTVKIWSMKEFWTYVERSFTWEGPPSQFPTKYVQFPVLIASIHTNYVDCNRWLGDFILSKSVDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037505`
TK1151 ID	TkA04G314550
OH-1004 ID	LXL04_037505
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037505

位置 Chr09:12417464-12419600 (+)

描述 Similar to FIE2: Polycomb group protein FIE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20740`	多梳族蛋白。	Polycomb group genes control pattern formation in plant seed.2001 · DOI: 10.1016/s0960-9822(01)00072-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0137100`	多梳族蛋白。	Polycomb group gene OsFIE2 regulates rice (Oryza sativa) seed development and grain filling via a mechanism distinct from Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003322 OsFIE2 plays an essential role in the regulation of rice vegetative and reproductive development.2014 · DOI: 10.1111/nph.12472
`Os08g0137250`	多梳族 (PcG) 蛋白。	Identification and characterization of an epi-allele of FIE1 reveals a regulatory linkage between two epigenetic marks in rice.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.102269 Imprinted gene OsFIE1 modulates rice seed development by influencing nutrient metabolism and modifying genome H3K27me3.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13202

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010231 maintenance of seed dormancy 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20740

dosa:Os08g0137100

dosa:Os08g0137250

osa:9271694

zma:542075

zma:542076

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · LXL04_037505 · OH-1004

细胞核0.426

排名 2 · LXL04_037505 · OH-1004

溶酶体／液泡0.099

排名 3 · LXL04_037505 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 4 · LXL04_037505 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 5 · LXL04_037505 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz41-207 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC385-164 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st95-203 aa

PF24814.2WD40_Prp1995-206 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st96-167 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5100-205 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st100-164 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd102-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037505	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	41	207	2.8e-18	66.9
LXL04_037505	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	85	164	5.7e-23	82.0
LXL04_037505	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	95	203	5.7e-20	72.5
LXL04_037505	`PF24814.2`	WD40_Prp19	95	206	3.6e-19	69.6
LXL04_037505	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	96	167	4.5e-20	72.8
LXL04_037505	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	100	205	1.5e-22	80.9
LXL04_037505	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	100	164	5.9e-18	65.8
LXL04_037505	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	102	204	2.4e-10	40.9
LXL04_037505	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	108	167	2.8e-09	37.5
LXL04_037505	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	109	210	2e-07	31.3
LXL04_037505	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	113	204	4.8e-07	29.8
LXL04_037505	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	142	205	7.6e-14	52.2
LXL04_037505	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	171	205	5.7e-23	82.0
LXL04_037505	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	172	207	4.5e-20	72.8
LXL04_037505	`PF00400.39`	WD40	172	203	5.9e-20	71.5
LXL04_037505	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	172	206	5.9e-18	65.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT47`	拟南芥	Polycomb group protein FERTILIZATION-INDEPENDENT ENDOSPERM	74.457%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZJX0`	水稻	Polycomb group protein FIE1	77.089%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZJW8`	水稻	Polycomb group protein FIE1	67.655%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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