LXL04_029590 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029590

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 94924760-94926028 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

696 bp · LXL04_029590|LXL04_029590|OH1004|cDNA

ATGGCGACTACCTCATCGTGTTACACATCTCCGCTACACACCGGAGTCTACTCGAAACAACAATCAGTTCTTCCTTCTTCCGCCTCCCTCCTCACCTGCGCCACCAGACGCTCACCCATCTCTCTTCGGTCGATACCACGGCCGGTGGTAGTTGCGGCAGCCGCCAACGCCGTTGAAGTTGAGAAACAGGCCGTCGCGCCAACGCCTTCGAAAGTTCTCCCGTTCCGAGTCGGCCACGGATTCGATCTTCATAGATTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

696 bp · LXL04_029590|LXL04_029590|OH1004|CDS

ATGGCGACTACCTCATCGTGTTACACATCTCCGCTACACACCGGAGTCTACTCGAAACAACAATCAGTTCTTCCTTCTTCCGCCTCCCTCCTCACCTGCGCCACCAGACGCTCACCCATCTCTCTTCGGTCGATACCACGGCCGGTGGTAGTTGCGGCAGCCGCCAACGCCGTTGAAGTTGAGAAACAGGCCGTCGCGCCAACGCCTTCGAAAGTTCTCCCGTTCCGAGTCGGCCACGGATTCGATCTTCATAGATTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

231 aa · LXL04_029590|LXL04_029590|OH1004|PROTEIN

MATTSSCYTSPLHTGVYSKQQSVLPSSASLLTCATRRSPISLRSIPRPVVVAAAANAVEVEKQAVAPTPSKVLPFRVGHGFDLHRLEPGYPLIIGGINIPHDRGCEAHSDGDVLLHCVVDAILGALGLPDIGQIFPDSDPKWKGAASSVFIKEAVRLMDEAGYELGNLDATLILQRPKVSPHKEAIRANLSLLLGADPSVVNLKAKTHEKVDSLGENRSIAAHTVVLLMKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029590`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029590

位置 Chr06:94924760-94926028 (+)

描述 Similar to ISPF: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63970`	用于类异戊二烯生物合成的质体非甲羟戊酸途径的酶，将 4-二磷酸胞苷基-2C-甲基-D-赤藓醇 2-磷酸转化为 2C-甲基-D-赤藓醇 2,4-环二磷酸和 CMP。	Functional evidence for the involvement of Arabidopsis IspF homolog in the nonmevalonate pathway of plastid isoprenoid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0140-9

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0680600`	胞质体非甲羟戊酸途径异戊二烯生物合成的酶，将4-二磷胞苷基-2C-甲基-D-赤藓糖醇-2-磷酸转化为2C-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环二磷酸和CMP（可能）。	A single nucleotide mutation of IspF gene involved in the MEP pathway for isoprenoid biosynthesis causes yellow-green leaf phenotype in rice.2018 · DOI: 10.1007/s11103-017-0668-7

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016117 carotenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0008685 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63970

bav:BAV1059

dosa:Os02g0680600

gwc:GWCH70_0087

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.987

排名 1 · LXL04_029590 · OH-1004

线粒体0.027

排名 2 · LXL04_029590 · OH-1004

细胞质0.026

排名 3 · LXL04_029590 · OH-1004

过氧化物酶体0.020

排名 4 · LXL04_029590 · OH-1004

细胞核0.016

排名 5 · LXL04_029590 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02542.22YgbB75-228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029590	`PF02542.22`	YgbB	75	228	2.5e-60	204.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAK8`	拟南芥	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, chloroplastic	89.017%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EPN6`	水稻	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, chloroplastic	70.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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