LXL04_026731 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026731

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2108831-2122168 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1308 bp · LXL04_026731|LXL04_026731|OH1004|cDNA

ATGGCTTTGTCATCAAAAAAATTTCTAGCCATGACCATTTTGGTGTTGGCATTTCTTTGCATTGCATTTGTACCAAGTCTAGTGATGGAGTTTCTAGGGGACGTGCCTTCGCTTCAACGACTTCCGAGCTCGTCTATACGGAAAATAGCTCAACACGTTATCGTTAAACGTTATAATTCTGGAGAATATATTCTCAAAGAAAGGGAACTTGCGGGTGGAACTTACTTTATTTATGAGGGCGTGGTGGAAGTCAGCGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · LXL04_026731|LXL04_026731|OH1004|CDS

ATGGCTTTGTCATCAAAAAAATTTCTAGCCATGACCATTTTGGTGTTGGCATTTCTTTGCATTGCATTTGTACCAAGTCTAGTGATGGAGTTTCTAGGGGACGTGCCTTCGCTTCAACGACTTCCGAGCTCGTCTATACGGAAAATAGCTCAACACGTTATCGTTAAACGTTATAATTCTGGAGAATATATTCTCAAAGAAAGGGAACTTGCGGGTGGAACTTACTTTATTTATGAGGGCGTGGTGGAAGTCAGCGGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

435 aa · LXL04_026731|LXL04_026731|OH1004|PROTEIN

MALSSKKFLAMTILVLAFLCIAFVPSLVMEFLGDVPSLQRLPSSSIRKIAQHVIVKRYNSGEYILKERELAGGTYFIYEGVVEVSGQFHTHNNDSQVFEWRKFDYFTQSESIRQEDVIALTKLTCLMLPYKYSFLMDPKSIWSEDMNLETIAPVEHILSLEPLDVNTFRGITLKGAPKSNKALAAASKTVHFLKILHSFHAHFLLPGDINIPVIYQVDRLGDVCNVATRRVNAVQKERIVFFLIASFHREEEEEEGFDHQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026731`
TK1151 ID	TkA07G004590
OH-1004 ID	LXL04_026731
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.143 / OH-1004 37.471 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026731

位置 Chr06:2108831-2122168 (-)

描述 Similar to tesB: Acyl-CoA thioesterase 2 (Escherichia coli (strain K12)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01710`	催化酰基辅酶A水解生成游离脂肪酸和辅酶A（CoASH），调节其各自的细胞内水平。	暂无已核实直接文献
`At4g00520`	催化酰基-CoA 水解生成游离脂肪酸和辅酶 A (CoASH)，调节它们各自的细胞内水平（通过相似性推断）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006637 acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0009062 fatty acid catabolic process 生物过程

GO:0010561 negative regulation of glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0033540 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase 生物过程

GO:0036109 alpha-linolenic acid metabolic process 生物过程

GO:0043649 dicarboxylic acid catabolic process 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005782 peroxisomal matrix 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01710

ath:AT4G00520

ece:Z0564

ecj:JW0442

eco:b0452

ecoc:C3026_02215

ecs:ECs_0506

hsa:10005

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.573

排名 1 · LXL04_026731 · OH-1004

细胞质0.165

排名 2 · LXL04_026731 · OH-1004

线粒体0.122

排名 3 · LXL04_026731 · OH-1004

内质网0.082

排名 4 · LXL04_026731 · OH-1004

细胞核0.075

排名 5 · LXL04_026731 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13622.134HBT_3182-247 aa

PF20789.44HBT_3C316-426 aa

PF02551.22Acyl_CoA_thio324-425 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026731	`PF13622.13`	4HBT_3	182	247	3.4e-07	31.1
LXL04_026731	`PF20789.4`	4HBT_3C	316	426	4e-22	79.6
LXL04_026731	`PF02551.22`	Acyl_CoA_thio	324	425	6.1e-29	101.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HU51`	拟南芥	Acyl-CoA hydrolase 2	51.313%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5FYU1`	拟南芥	Acyl-CoA hydrolase 1	47.255%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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