LXL04_017398 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017398

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 148261650-148264135 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

924 bp · LXL04_017398|LXL04_017398|OH1004|cDNA

ATGTCTGAAAAGTCCGGTGATGCTTCTGGAGGTGAAAATGGTCATGAAGGAAAAGTTGTAGACGGTAGAAAGAAGTTACTCGGTTCAAAAATAGATAATAACCATAGTCAGCACCCCGAGATGGAATCCACAAGAAGTCCAAGTGGTGCTAACCAAAAAATTGTAGAAACAACCACGGGTGGCTGTAGCAAGAGAAATGGTGATGCTTTTAAGACGGAAAATAAGGATGACATGAAGGTGAAGGACCATGACAATAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · LXL04_017398|LXL04_017398|OH1004|CDS

ATGTCTGAAAAGTCCGGTGATGCTTCTGGAGGTGAAAATGGTCATGAAGGAAAAGTTGTAGACGGTAGAAAGAAGTTACTCGGTTCAAAAATAGATAATAACCATAGTCAGCACCCCGAGATGGAATCCACAAGAAGTCCAAGTGGTGCTAACCAAAAAATTGTAGAAACAACCACGGGTGGCTGTAGCAAGAGAAATGGTGATGCTTTTAAGACGGAAAATAAGGATGACATGAAGGTGAAGGACCATGACAATAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · LXL04_017398|LXL04_017398|OH1004|PROTEIN

MSEKSGDASGGENGHEGKVVDGRKKLLGSKIDNNHSQHPEMESTRSPSGANQKIVETTTGGCSKRNGDAFKTENKDDMKVKDHDNKGKGGFESSDHDLHIWTERERRKKMRNMFHQLHALLPQLSPKADKSTIVDEAINHIKTLQQTLKNLKVSKAERLHGLSTNKQQGLIVTTRESFLANQASSTTQFGIVSPQSSNSFSFPVSTPISFQTWTSSNVILNVCGLDAHFSICCPRNIPGLLTTICFVLEKHKLEIVSAQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017398`
TK1151 ID	TkA08G178960
OH-1004 ID	LXL04_017398
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 74.919 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017398

位置 Chr03:148261650-148264135 (-)

描述 Similar to BHLH95: Transcription factor bHLH95

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49770`	控制胚胎生长的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g22760`	转录因子 bHLH19。	暂无已核实直接文献
`At2g22770`	调控至少NAI2、PYK10和PBP1表达的转录激活因子。	A novel ER-derived compartment, the ER body, selectively accumulates a beta-glucosidase with an ER-retention signal in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01636.x NAI1 gene encodes a basic-helix-loop-helix-type putative transcription factor that regulates the formation of an endoplasmic reticulum-derived structure, the ER body.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021154 Activation of an ER-body-localized beta-glucosidase via a cytosolic binding partner in damaged tissues of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci126 PYK10, a beta-glucosidase located in the endoplasmatic reticulum, is crucial for the beneficial interaction between Arabidopsis thaliana and the endophytic fungus Piriformospora indica.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03424.x Antagonistic jacalin-related lectins regulate the size of ER body-type beta-glucosidase complexes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn075 NAI2 is an endoplasmic reticulum body component that enables ER body formation in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059345
`At4g37850`	转录因子 bHLH25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49770

ath:AT2G22760

ath:AT2G22770

ath:AT4G37850

hsa:56938

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_017398 · OH-1004

细胞质0.091

排名 2 · LXL04_017398 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_017398 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_017398 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_017398 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23177.2bHLH_IRO3101-157 aa

PF00010.32HLH102-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017398	`PF23177.2`	bHLH_IRO3	101	157	3e-06	28.2
LXL04_017398	`PF00010.32`	HLH	102	145	6.2e-11	42.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXA3`	拟南芥	Transcription factor bHLH95	39.113%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PF16`	拟南芥	Transcription factor bHLH19	50.877%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S3F1`	拟南芥	Transcription factor NAI1	30.256%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9T072`	拟南芥	Transcription factor bHLH25	40.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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