LXL04_015139 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015139

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 64783853-64795777 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3282 bp · LXL04_015139|LXL04_015139|OH1004|cDNA

ATGTTAGGGAAACGCAAGGATTCAGATAGAATTAGCGAACTTCCTCAAGACATAATTGAAAAGATTCTGACTCTGATGCCAATCCGAGATTCATTAAGGACGAGCATATTGTCAAGAAAATGGAGCACTTGGTTGCAGCTTTCGTCTGTTCTATGTGTGATCAGCAGCTCTCCTAATTTGGAGAAGATGAAATTGCAGATGTGTTGGGACCATGATGAATGTCTTGAAGAAACTTTCGAGAAGTCGCATGATCTTCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3282 bp · LXL04_015139|LXL04_015139|OH1004|CDS

ATGTTAGGGAAACGCAAGGATTCAGATAGAATTAGCGAACTTCCTCAAGACATAATTGAAAAGATTCTGACTCTGATGCCAATCCGAGATTCATTAAGGACGAGCATATTGTCAAGAAAATGGAGCACTTGGTTGCAGCTTTCGTCTGTTCTATGTGTGATCAGCAGCTCTCCTAATTTGGAGAAGATGAAATTGCAGATGTGTTGGGACCATGATGAATGTCTTGAAGAAACTTTCGAGAAGTCGCATGATCTTCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1093 aa · LXL04_015139|LXL04_015139|OH1004|PROTEIN

MLGKRKDSDRISELPQDIIEKILTLMPIRDSLRTSILSRKWSTWLQLSSVLCVISSSPNLEKMKLQMCWDHDECLEETFEKSHDLQDYMSLKWDHLEEVEITRSPMLKRATIELYESASVKDVSKFGTLAIFTIIFVDFVRILPYMKAQRQTLDRISALPQDTIEKILTLMPIRDALRTSILSRRWRYSWRTIPKLAFDDNEIVESDHNQSVHSDYCEIDNYKFVKAIFHVLLLHRAPILEFSLSSTEKNICSEIDQIIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015139`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015139

位置 Chr03:64783853-64795777 (+)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At5g56440`	推定与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56440。	暂无已核实直接文献
`At1g55030`	推定的 FBD 相关 F-盒蛋白 At1g55030。	暂无已核实直接文献
`At4g13965`	假定的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At4g13965。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT5G56370

ath:AT5G56440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · LXL04_015139 · OH-1004

细胞核0.501

排名 2 · LXL04_015139 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 3 · LXL04_015139 · OH-1004

内质网0.050

排名 4 · LXL04_015139 · OH-1004

线粒体0.035

排名 5 · LXL04_015139 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box11-45 aa

PF00646.39F-box156-193 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1253-346 aa

PF24758.2LRR_At5g56370261-349 aa

PF00646.39F-box722-759 aa

PF24758.2LRR_At5g56370816-922 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015139	`PF00646.39`	F-box	11	45	9.5e-20	70.3
LXL04_015139	`PF00646.39`	F-box	156	193	9.5e-20	70.3
LXL04_015139	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	253	346	1.6e-22	81.2
LXL04_015139	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	261	349	6.1e-23	82.4
LXL04_015139	`PF00646.39`	F-box	722	759	9.5e-20	70.3
LXL04_015139	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	816	922	6.1e-23	82.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	31.340%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FM94`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At5g56370	26.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FM87`	拟南芥	Putative FBD-associated F-box protein At5g56440	32.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C7M1`	拟南芥	Putative FBD-associated F-box protein At1g55030	28.571%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3EA38`	拟南芥	Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At4g13965	28.962%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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