LXL04_009165 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009165

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 119432095-119433722 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1101 bp · LXL04_009165|LXL04_009165|OH1004|cDNA

ATGGATTTTCGCTCCTTCTTTTGCTGCATAAGGGTTTCCGATCGgaaagagaaagagaagaaacaATCAACATGGAGGATATTTTCATTGAAGGAATTACATGCTGCCACCAACAATTTCAATTACGACAACAAGCTTGGTGAAGGCGGATTTGGCAGCGTTTATTGGGGTCAACTATGGGACGGATCTCAAATTGCAGTAAAAAGATTAAAAGTCTATAGCAACAAAGCCGAAATGGAATTCGCTGTTGAAGTTGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1101 bp · LXL04_009165|LXL04_009165|OH1004|CDS

ATGGATTTTCGCTCCTTCTTTTGCTGCATAAGGGTTTCCGATCGGAAAGAGAAAGAGAAGAAACAATCAACATGGAGGATATTTTCATTGAAGGAATTACATGCTGCCACCAACAATTTCAATTACGACAACAAGCTTGGTGAAGGCGGATTTGGCAGCGTTTATTGGGGTCAACTATGGGACGGATCTCAAATTGCAGTAAAAAGATTAAAAGTCTATAGCAACAAAGCCGAAATGGAATTCGCTGTTGAAGTTGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

366 aa · LXL04_009165|LXL04_009165|OH1004|PROTEIN

MDFRSFFCCIRVSDRKEKEKKQSTWRIFSLKELHAATNNFNYDNKLGEGGFGSVYWGQLWDGSQIAVKRLKVYSNKAEMEFAVEVEILARVRHKNLLSLRGYCAEGQERLIVYDYMPNLSLLSHLHGQHSSEILLDWPRRMTIAIGSAEGIVYLHHQATPHIIHRDVKASNVLLDSEFKAQVADFGFAKLIPDGATHVTTRVKGTLGYLAPEYAMLGKASESCDVYSFGILLLELASGKKPIEKLNSTTRRSITEWALPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009165`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009165

位置 Chr02:119432095-119433722 (+)

描述 Similar to At3g15890: PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15890`	PTI1样酪氨酸蛋白激酶 At3g15890。	暂无已核实直接文献
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At4g33430`	双特异性激酶作用于含丝氨酸/苏氨酸和含酪氨酸的底物。	The BRI1-associated kinase 1, BAK1, has a brassinolide-independent role in plant cell-death control.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.046 BAK1 and BKK1 regulate brassinosteroid-dependent growth and brassinosteroid-independent cell-death pathways.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.036 Arabidopsis SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR KINASE proteins serve brassinosteroid-dependent and -independent signaling pathways.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123216 Tyrosine phosphorylation of the BRI1 receptor kinase emerges as a component of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0810249106 Phosphorylation of receptor-like cytoplasmic kinases by bacterial flagellin.2010 · DOI: 10.4161/psb.11500 The Arabidopsis leucine-rich repeat receptor-like kinases BAK1/SERK3 and BKK1/SERK4 are required for innate immunity to hemibiotrophic and biotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.084301 Structure of the pseudokinase domain of BIR2, a regulator of BAK1-mediated immune signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.jsb.2014.02.005 Phytosulfokine Regulates Growth in Arabidopsis through a Response Module at the Plasma Membrane That Includes CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED CHANNEL17, H+-ATPase, and BAK1.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00306 An RLP23-SOBIR1-BAK1 complex mediates NLP-triggered immunity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.140 The SCOOP12 peptide regulates defense response and root elongation in Arabidopsis thaliana.2019 · DOI: 10.1093/jxb/ery454 The Arabidopsis MIK2 receptor elicits immunity by sensing a conserved signature from phytocytokines and microbes.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-25580-w
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献
`At1g68690`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68690

ath:AT1G70460

ath:AT3G15890

ath:AT4G33430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.648

排名 1 · LXL04_009165 · OH-1004

细胞质0.290

排名 2 · LXL04_009165 · OH-1004

细胞核0.214

排名 3 · LXL04_009165 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_009165 · OH-1004

高尔基体0.033

排名 5 · LXL04_009165 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase41-308 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr42-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009165	`PF00069.32`	Pkinase	41	308	6.4e-42	144.5
LXL04_009165	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	42	310	2e-43	149.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSC2`	拟南芥	PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890	63.842%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAL8`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	49.169%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94F62`	拟南芥	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1	46.732%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PEM5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	45.370%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SX31`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK9	46.154%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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