基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_005725
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 172215822-172224478
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3129 bp · LXL04_005725|LXL04_005725|OH1004|cDNA
CAATGTCTATCTACATGAGTTCTTGAAACTGTCATCTAAGATTGTGAAGCCTATCCAGGAACAGGAAGCATGGCAGCCACACCCAATCCCACACTGATTTATTCTCCAAAATCCTCGATTCACCTCACGAAAATTCAATTTTACGTTCGCTCCAACCCCTTCAGATCGTCTTCATCATCGAGGTCTGGTTCATTCGCGGTCAAATGCAGTAGCCCCGTCCCGAACAATTCTAGCTCCGAGCAGAACAACAATGGCGGGGG...
CDS
下载 CDS FASTA3060 bp · LXL04_005725|LXL04_005725|OH1004|CDS
ATGGCAGCCACACCCAATCCCACACTGATTTATTCTCCAAAATCCTCGATTCACCTCACGAAAATTCAATTTTACGTTCGCTCCAACCCCTTCAGATCGTCTTCATCATCGAGGTCTGGTTCATTCGCGGTCAAATGCAGTAGCCCCGTCCCGAACAATTCTAGCTCCGAGCAGAACAACAATGGCGGGGGATTGAAGAATCTGCTGTCCGGTATAGTCGACGAACGGGTAGACCAGTTGTTGAACAGCGACGAAAACAG...
1019 aa · LXL04_005725|LXL04_005725|OH1004|PROTEIN
MAATPNPTLIYSPKSSIHLTKIQFYVRSNPFRSSSSSRSGSFAVKCSSPVPNNSSSEQNNNGGGLKNLLSGIVDERVDQLLNSDENRALLDGLDKATQRVELAKRELAEIEKQEIENRKIKEYINQLESRASEIEECQKELSEARALVEEAERSLVGDTDTMMTETEREAMLKNKERFESVKAASISAIVGTIASLPISIAQASDTSQLILPSAIILISCALFGVTFRYAVRRDLDNFQLKTGTSAAFGFVKGLATLAGG...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_005725 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_005725 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:172215822-172224478 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to YSL3: Metal-nicotianamine transporter YSL3 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0003006 developmental process involved in reproduction 生物过程 GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程 GO:0006826 iron ion transport 生物过程 GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0010039 response to iron ion 生物过程 GO:0010043 response to zinc ion 生物过程 GO:0048316 seed development 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0035673 oligopeptide transmembrane transporter activity 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT4G24120 ath:AT5G24380 ath:AT5G53550 dosa:Os04g0542200 dosa:Os04g0542800 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
质体0.731
内质网0.110
细胞膜0.075
溶酶体／液泡0.053
高尔基体0.050
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF03169.21OPT321-876 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_005725 | PF03169.21 | OPT | 321 | 876 | 1.2e-124 | 418.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q2EF88 | 拟南芥 | Metal-nicotianamine transporter YSL3 | 58.710% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6R3K9 | 拟南芥 | Metal-nicotianamine transporter YSL2 | 57.464% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6R3L0 | 拟南芥 | Metal-nicotianamine transporter YSL1 | 56.349% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q7XUJ2 | 水稻 | Probable metal-nicotianamine transporter YSL9 | 55.089% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q7XN54 | 水稻 | Probable metal-nicotianamine transporter YSL16 | 56.427% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |