LXL04_003672 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003672

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 93270186-93272432 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1933 bp · LXL04_003672|LXL04_003672|OH1004|cDNA

ATGACGTGCTTCCTTCTAAACCAGAAAAAAGCCGTTGTTTGGCACCCGGTCATCGTCGTTATCGAGGAACCAAAAAGAGGACTCACAGACACGATTTTCTTGTTTTCCCTCTTCACTGAAACCCTCACCAACAACTTCAATGGAGGTTCATATGCATACTCGATCGCCTTACCATCTTACTCTTATATTCCCCAAAAGCAGTATTAAGATCTCCACGAAGTTCccttttcttcttcaaaccTCAACCACCTCCCGTCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1899 bp · LXL04_003672|LXL04_003672|OH1004|CDS

TTGTTTGGCACCCGGTCATCGTCGTTATCGAGGAACCAAAAAGAGGACTCACAGACACGATTTTCTTGTTTTCCCTCTTCACTGAAACCCTCACCAACAACTTCAATGGAGGTTCATATGCATACTCGATCGCCTTACCATCTTACTCTTATATTCCCCAAAAGCAGTATTAAGATCTCCACGAAGTTCCCTTTTCTTCTTCAAACCTCAACCACCTCCCGTCGACTTCACTACACATCCTTGTTCGTCGCCGCAACCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

632 aa · LXL04_003672|LXL04_003672|OH1004|PROTEIN

MFGTRSSSLSRNQKEDSQTRFSCFPSSLKPSPTTSMEVHMHTRSPYHLTLIFPKSSIKISTKFPFLLQTSTTSRRLHYTSLFVAATRAPLPLPLPLPPTSVVPLEQPGGKMVVELVGTFNELTERMKNNNNQLLSTSSSRLLFKTLKLCLPILQTLPLAPDGRSPLSRALSAAILLADLQMDAEVISVGILREALEANAISMYQVKDRIGISTAHLLHETLRVKNMASKVDIYDEETTSALRKFCLTYYDVRALILDLAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003672`
TK1151 ID	TkA01G323230
OH-1004 ID	LXL04_003672
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.712 / OH-1004 96.361 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003672

位置 Chr01:93270186-93272432 (-)

描述 Similar to CRSH: Probable GTP diphosphokinase CRSH, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17470`	在体外具有钙依赖的鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	The bacterial stringent response, conserved in chloroplasts, controls plant fertilization.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcm177 Expression profiling of four RelA/SpoT-like proteins, homologues of bacterial stringent factors, in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1007/s00425-008-0758-5
`UniProt: Q9M5P5`	可能的ppGpp（鸟苷酸3'-二磷酸5'-二磷酸）合成酶，可能参与植物对病原体和其他胁迫的快速ppGpp介导反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0161200`	在体外具有钙依赖的鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	Calcium-activated (p)ppGpp synthetase in chloroplasts of land plants.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m703820200
`Os05g0161800`	在体外具有钙依赖的鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	Calcium-activated (p)ppGpp synthetase in chloroplasts of land plants.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m703820200
`Os05g0161500`	在体外具有钙依赖的鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	Calcium-activated (p)ppGpp synthetase in chloroplasts of land plants.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m703820200

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003672 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015969 guanosine tetraphosphate metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008728 GTP diphosphokinase activity 分子功能

GO:0016301 kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17470

dosa:Os05g0161200

dosa:Os05g0161500

dosa:Os05g0161800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.950

排名 1 · LXL04_003672 · OH-1004

线粒体0.058

排名 2 · LXL04_003672 · OH-1004

细胞核0.030

排名 3 · LXL04_003672 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_003672 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 5 · LXL04_003672 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13328.13HD_4159-296 aa

PF04607.24RelA_SpoT362-487 aa

PF13202.13EF-hand_5528-551 aa

PF00036.39EF-hand_1530-553 aa

PF13499.13EF-hand_7530-581 aa

PF13405.13EF-hand_6530-555 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003672	`PF13328.13`	HD_4	159	296	1.1e-20	74.6
LXL04_003672	`PF04607.24`	RelA_SpoT	362	487	1.5e-28	100.0
LXL04_003672	`PF13202.13`	EF-hand_5	528	551	5.5e-10	39.0
LXL04_003672	`PF00036.39`	EF-hand_1	530	553	8.3e-12	44.5
LXL04_003672	`PF13499.13`	EF-hand_7	530	581	5.7e-11	43.3
LXL04_003672	`PF13405.13`	EF-hand_6	530	555	1.1e-08	34.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84R11`	拟南芥	Probable GTP diphosphokinase CRSH, chloroplastic	66.542%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M5P5`	拟南芥	Probable GTP diphosphokinase RSH3, chloroplastic	34.835%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ATB4`	水稻	GTP diphosphokinase CRSH1, chloroplastic	60.721%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75IS2`	水稻	GTP diphosphokinase CRSH3, chloroplastic	52.651%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ATB2`	水稻	GTP diphosphokinase CRSH2, chloroplastic	51.455%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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