LXL04_001734 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001734

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 32156962-32157699 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

606 bp · LXL04_001734|LXL04_001734|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCTCAAGTGGTACGACAACATCATCAGGTAATTCATACTTAATTCAGACCTCGGGGTCTGAAGAAGATCTTCAGCTGTTGATGAAAGAGAGGAAGAGGAAGAGAATGATTTCGAATCGTGAATCGGCGCGGAGATCTAGAAAGAGGAAGCAAAAGCATATAGACGATCTCACGAGTCATCTGAATCAACTCAGAGTGAAGAACAACCAGATCATATCAAGCGTCAGTATCACCACCCAGCATTACATGAGCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · LXL04_001734|LXL04_001734|OH1004|CDS

ATGGCTTCCTCAAGTGGTACGACAACATCATCAGGTAATTCATACTTAATTCAGACCTCGGGGTCTGAAGAAGATCTTCAGCTGTTGATGAAAGAGAGGAAGAGGAAGAGAATGATTTCGAATCGTGAATCGGCGCGGAGATCTAGAAAGAGGAAGCAAAAGCATATAGACGATCTCACGAGTCATCTGAATCAACTCAGAGTGAAGAACAACCAGATCATATCAAGCGTCAGTATCACCACCCAGCATTACATGAGCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · LXL04_001734|LXL04_001734|OH1004|PROTEIN

MASSSGTTTSSGNSYLIQTSGSEEDLQLLMKERKRKRMISNRESARRSRKRKQKHIDDLTSHLNQLRVKNNQIISSVSITTQHYMSVEAENSVLRAQVAELSHRLQSLNEMIALMYQPLDAVCGFSDEQYRGGGDTGNDTEFVDEFMNNSLSYRTGSGTEFVDDTESEVNLLKVLEKNSDLEVICVQKENEDYDDFWYKEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001734`
TK1151 ID	TkA01G515840
OH-1004 ID	LXL04_001734
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.833 / OH-1004 70.149 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001734

位置 Chr01:32156962-32157699 (+)

描述 Similar to BZIP44: bZIP transcription factor 44

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75390`	与 MAN7 启动子的 DNA G-box 基序 5'- CACGTG-3' 结合的转录因子。	Arabidopsis thaliana bZIP44: a transcription factor affecting seed germination and expression of the mannanase-encoding gene AtMAN7.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12162
`At4g34590`	转录因子，可结合靶基因启动子中的 DNA 序列 5'-ACTCAT-3'。	A novel subgroup of bZIP proteins functions as transcriptional activators in hypoosmolarity-responsive expression of the ProDH gene in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch036 The sucrose regulated transcription factor bZIP11 affects amino acid metabolism by regulating the expression of ASPARAGINE SYNTHETASE1 and PROLINE DEHYDROGENASE2.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03385.x The sucrose-regulated Arabidopsis transcription factor bZIP11 reprograms metabolism and regulates trehalose metabolism.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.03735.x The Arabidopsis transcription factor bZIP11 activates auxin-mediated transcription by recruiting the histone acetylation machinery.2014 · DOI: 10.1038/ncomms4883
`At2g18160`	转录因子，可结合靶基因启动子中的特定DNA序列。	暂无已核实直接文献
`At3g62420`	可能结合靶基因启动子中的特定序列并激活转录。	A novel subgroup of bZIP proteins functions as transcriptional activators in hypoosmolarity-responsive expression of the ProDH gene in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch036 Combinatorial control of Arabidopsis proline dehydrogenase transcription by specific heterodimerisation of bZIP transcription factors.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601206 A pivotal role of the basic leucine zipper transcription factor bZIP53 in the regulation of Arabidopsis seed maturation gene expression based on heterodimerization and protein complex formation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062968 Heterodimers of the Arabidopsis transcription factors bZIP1 and bZIP53 reprogram amino acid metabolism during low energy stress.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075390 A novel method to identify the DNA motifs recognized by a defined transcription factor.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0234-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006971 hypotonic response 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080149 sucrose induced translational repression 生物过程

GO:2000693 positive regulation of seed maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75390

ath:AT2G18160

ath:AT3G62420

ath:AT4G34590

zma:542394

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · LXL04_001734 · OH-1004

细胞质0.102

排名 2 · LXL04_001734 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_001734 · OH-1004

内质网0.010

排名 4 · LXL04_001734 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_001734 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07716.21bZIP_232-73 aa

PF00170.27bZIP_133-87 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001734	`PF07716.21`	bZIP_2	32	73	3.7e-07	30.8
LXL04_001734	`PF00170.27`	bZIP_1	33	87	3.7e-12	46.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0Z2L5`	拟南芥	bZIP transcription factor 44	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65683`	拟南芥	bZIP transcription factor 11	67.816%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI15`	拟南芥	bZIP transcription factor 2	59.223%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZP8`	拟南芥	bZIP transcription factor 53	51.190%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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