LXL04_000286 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000286

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 5286289-5289244 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · LXL04_000286|LXL04_000286|OH1004|cDNA

ATGGTTGAGTACTTCGGCGagcaattatctggttttgcCTTCACCGCCAACGGGTGGGTGCAGTCTTACGGCTCCCGATGTGTCAAACCACCGATCATCTATGGCGATGTCAGTCGTCCCAAATCCATGACCGTCTTCTGGTCGTCAATGGCTCAGGAAATGACCAAACGCCCTATGAAAGGCATGCTCACGGGACCTGTCACCATCCTCAATTGGTCCTTCGTTCGGAACGATCAACCCATATACAAGACTTGCTACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · LXL04_000286|LXL04_000286|OH1004|CDS

ATGGTTGAGTACTTCGGCGAGCAATTATCTGGTTTTGCCTTCACCGCCAACGGGTGGGTGCAGTCTTACGGCTCCCGATGTGTCAAACCACCGATCATCTATGGCGATGTCAGTCGTCCCAAATCCATGACCGTCTTCTGGTCGTCAATGGCTCAGGAAATGACCAAACGCCCTATGAAAGGCATGCTCACGGGACCTGTCACCATCCTCAATTGGTCCTTCGTTCGGAACGATCAACCCATATACAAGACTTGCTACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · LXL04_000286|LXL04_000286|OH1004|PROTEIN

MVEYFGEQLSGFAFTANGWVQSYGSRCVKPPIIYGDVSRPKSMTVFWSSMAQEMTKRPMKGMLTGPVTILNWSFVRNDQPIYKTCYQIALAIKLKYSDQLKAMKFLDWYVKIAIVSAAVGGSMEYFIILDSITAQVLAAKRATGFNYSTIQLQLTFHLYIWQMNVEKLQKMAGAVRTGGKGSVRRKKKAVHKTTTTDDKRLQSTLKRIGVNSIPAIEEVNIFKDETVIQFLNPKVQASIAANTWVVSGSPQTKKLQDILP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000286`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000286

位置 Chr01:5286289-5289244 (+)

描述 Similar to BTF3: Basic transcription factor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17880`	基础转录因子 3。	暂无已核实直接文献
`At1g73230`	新生多肽复合体β亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g17920`	催化将甲基从 5-甲基四氢叶酸转移到半胱氨酸，生成蛋氨酸。	暂无已核实直接文献
`At3g03780`	催化将甲基从 5-甲基四氢叶酸转移到半胱氨酸，生成蛋氨酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0624000`	催化将甲基从 5-甲基四氢叶酸转移到半胱氨酸，生成蛋氨酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009086 methionine biosynthetic process 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0071266 'de novo' L-methionine biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17880

ath:AT1G73230

ath:AT3G03780

ath:AT5G17920

dosa:Os12g0624000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.495

排名 1 · LXL04_000286 · OH-1004

细胞核0.418

排名 2 · LXL04_000286 · OH-1004

线粒体0.122

排名 3 · LXL04_000286 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 4 · LXL04_000286 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_000286 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01717.25Meth_synt_21-97 aa

PF01849.24NAC198-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000286	`PF01717.25`	Meth_synt_2	1	97	2.5e-41	142.7
LXL04_000286	`PF01849.24`	NAC	198	253	2.9e-19	69.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMW7`	拟南芥	Basic transcription factor 3	83.660%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAT7`	拟南芥	Nascent polypeptide-associated complex subunit beta	79.114%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O50008`	拟南芥	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase 1	87.755%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRV5`	拟南芥	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase 2	88.776%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QLY4`	水稻	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase 2	87.755%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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