F1 家系 · 全基因组关联

天然橡胶含量 GWAS

GLM 与 MLM 的关联结果、模型诊断和数据下载。

126 F11,109,918 SNPTK1151含量（%）

GLM：PC1–PC3；MLM：PC1–PC3与标准化亲缘矩阵。结果解释限于本F1家系。

当前模型的全基因组结果

红虚线为固定探索性筛选阈值：−log10(P)=4，即P≤1×10⁻⁴；灰点线为1/M提示阈值。候选位点和候选基因采用固定4阈值，未做置换经验校准。

1,109,918 有效检验；固定4筛选位点 236；Bonferroni 0；FDR≤0.05 46下载图中全部结果 TSV.gz

QQ 图与模型统计

λ = 1.031；全基因组阈值 P ≤ 4.5e-08。

本轮MLM已收敛，但亲缘随机效应方差接近零边界。该结果不能用于断言性状无遗传基础，需结合家系设计和稳健性检查解释。 V(G)=1e-05；V(e)=4.3028。

位点	位置（bp）	效应等位基因	n	β	P	FDR q	最近基因
TK1151:1:112651177:T:C	Chr01:112,651,177	C	126	-9.976	1.67e-06	0.0463	TkA01G449580

β为每个效应等位基因对应的含量百分点变化。表格筛选不改变上方全基因组图。

分析方法、来源与使用范围

材料来自一个F1家系。表型采用论文公开的天然橡胶含量平均值；VCF为本站对CRA009020原始序列重比对和变异检测的结果。材料对应依据为精确且唯一的测序reads统计，论文原bin编码的一致性仍待核实。结果用于本家系探索性关联，候选需独立材料验证。

8条染色体双等位SNP；剔除子代间GT剂量不变的位点；GT深度≥5；位点缺失≤10%；MAF≥0.05；样本缺失≤15%；不做F1的HWE筛选。GLM按位点使用完整基因型记录；MLM按软件默认处理少量缺失GT。最近基因只表示位置关系；原发表标记区间不是完整QTL置信区间。