LXL04_035862 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035862

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 30882544-30883755 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_035862|LXL04_035862|OH1004|cDNA

ATGGTTTATTTGAGTCAGCAGTCCATACTCCAGCGAATCCACAAACAAGATTACAACCTCTACAGCTGTCGGAGTCACCACTACAGATCTGATTCAAAATCACGCACTCATACATCAGTTGTATTTGTATACTCATTCGTAGGTGCCGAGCTAGTTGTGATGGTGTTTTGGGAAGGGTATGTGAGTGATGAAGTGATGGGCACATTTGCCCCAATTGTGGTCTACTGGCTGTACGCGGGTTTTTTCCAGTTGCTACCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · LXL04_035862|LXL04_035862|OH1004|CDS

ATGGTTTATTTGAGTCAGCAGTCCATACTCCAGCGAATCCACAAACAAGATTACAACCTCTACAGCTGTCGGAGTCACCACTACAGATCTGATTCAAAATCACGCACTCATACATCAGTTGTATTTGTATACTCATTCGTAGGTGCCGAGCTAGTTGTGATGGTGTTTTGGGAAGGGTATGTGAGTGATGAAGTGATGGGCACATTTGCCCCAATTGTGGTCTACTGGCTGTACGCGGGTTTTTTCCAGTTGCTACCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · LXL04_035862|LXL04_035862|OH1004|PROTEIN

MVYLSQQSILQRIHKQDYNLYSCRSHHYRSDSKSRTHTSVVFVYSFVGAELVVMVFWEGYVSDEVMGTFAPIVVYWLYAGFFQLLPPLDNYRLHTRKEEDAKNSVPLKSVVKGVLLQQLVQAVVAHILFLVTSETGLVGTEVQPSLMIQLIQIIIAMFVMDTWQYFVHRYMHINKFLYRHIHSQHHKLVVPYAIGALYNHPLEGLLLDTVGGAISFLVSGMTARTAVIFFCFAVVKTVDDHCGLWLPGNLFHLFFQNNTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035862`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035862

位置 Chr08:30882544-30883755 (+)

描述 Similar to GL1-9: Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14290`	参与鞘脂三羟基长链碱的生物合成。	Sphingolipid long-chain base hydroxylation is important for growth and regulation of sphingolipid content and composition in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.057851
`At1g69640`	参与鞘脂三羟基长链碱的生物合成。	Sphingolipid long-chain base hydroxylation is important for growth and regulation of sphingolipid content and composition in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.057851

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0627700`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8B4W4`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035862 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006675 mannosyl-inositol phosphorylceramide metabolic process 生物过程

GO:0008610 lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0046520 sphingoid biosynthetic process 生物过程

GO:0051999 mannosyl-inositol phosphorylceramide biosynthetic process 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0042284 sphingolipid delta-4 desaturase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14290

ath:AT1G69640

dosa:Os07g0627700

osa:4343979

spo:2541225

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.837

排名 1 · LXL04_035862 · OH-1004

细胞核0.101

排名 2 · LXL04_035862 · OH-1004

细胞质0.074

排名 3 · LXL04_035862 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 4 · LXL04_035862 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 5 · LXL04_035862 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04116.20FA_hydroxylase154-289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035862	`PF04116.20`	FA_hydroxylase	154	289	5.2e-24	85.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9AST3`	拟南芥	Sphinganine C4-monooxygenase 2	64.427%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VYI1`	拟南芥	Sphinganine C4-monooxygenase 1	66.800%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0D4G3`	水稻	Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-9	73.462%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8B4W4`	水稻	Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-9	73.462%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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